### R code from vignette source 'Risa.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: LibraryPreload ################################################### library(Risa) require(faahKO) ################################################### ### code chunk number 2: Risa-readISAtab ################################################### faahkoISA <- readISAtab(find.package("faahKO")) ################################################### ### code chunk number 3: Risa-processXcmsSet ################################################### assay.filename <- faahkoISA["assay.filenames"][1] faahkoXset <- processAssayXcmsSet(faahkoISA, assay.filename) ################################################### ### code chunk number 4: Risa-update ################################################### updateAssayMetadata(faahkoISA, assay.filename,"Derived Spectral Data File","faahkoDSDF.txt" ) ################################################### ### code chunk number 5: Risa-write.assay.file ################################################### temp = tempdir() write.ISAtab(faahkoISA, temp) #write.assay.file(faahkoISA, assay.filename, temp) ################################################### ### code chunk number 6: pkgs ################################################### toLatex(sessionInfo())