### R code from vignette source 'RMassBankNonstandard.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: RMassBankNonstandard.Rnw:24-26 ################################################### options(width=74) #library(xtable) ################################################### ### code chunk number 2: RMassBankNonstandard.Rnw:41-44 ################################################### library("RMassBank") library("RMassBankData") library("gplots") ################################################### ### code chunk number 3: RMassBankNonstandard.Rnw:50-51 (eval = FALSE) ################################################### ## vignette("RMassBank") ################################################### ### code chunk number 4: RMassBankNonstandard.Rnw:71-78 ################################################### RmbDefaultSettings() rmbo <- getOption("RMassBank") rmbo$recalibrator <- list( "MS1" = "recalibrate.identity", "MS2" = "recalibrate.identity" ) options("RMassBank" = rmbo) ################################################### ### code chunk number 5: RMassBankNonstandard.Rnw:84-86 ################################################### w <- loadMsmsWorkspace(system.file("results/pH_narcotics_RF.RData", package="RMassBankData")) ################################################### ### code chunk number 6: RMassBankNonstandard.Rnw:90-99 ################################################### recal <- makeRecalibration(w@parent, "pH", recalibrateBy = rmbo$recalibrateBy, recalibrateMS1 = rmbo$recalibrateMS1, recalibrator = list(MS1="recalibrate.loess",MS2="recalibrate.loess"), recalibrateMS1Window = 15) w@rc <- recal$rc w@rc.ms1 <- recal$rc.ms1 w@parent <- w plotRecalibration(w) ################################################### ### code chunk number 7: RMassBankNonstandard.Rnw:103-105 ################################################### w@spectra[[1]]@parent@mz[30:32] w@spectra[[1]]@children[[1]]@mz[15:17] ################################################### ### code chunk number 8: RMassBankNonstandard.Rnw:111-112 ################################################### w <- msmsWorkflow(w, steps=4) ################################################### ### code chunk number 9: RMassBankNonstandard.Rnw:118-120 ################################################### w@spectra[[1]]@parent@mz[30:32] w@spectra[[1]]@children[[1]]@mz[15:17] ################################################### ### code chunk number 10: RMassBankNonstandard.Rnw:138-158 ################################################### RmbDefaultSettings() getOption("RMassBank")$multiplicityFilter # to make processing faster, we only use 3 spectra per compound rmbo <- getOption("RMassBank") rmbo$spectraList <- list( list(mode="CID", ces = "35%", ce = "35 % (nominal)", res = 7500), list(mode="HCD", ces = "15%", ce = "15 % (nominal)", res = 7500), list(mode="HCD", ces = "30%", ce = "30 % (nominal)", res = 7500) ) options(RMassBank = rmbo) loadList(system.file("list/NarcoticsDataset.csv", package="RMassBankData")) w <- newMsmsWorkspace() files <- list.files(system.file("spectra", package="RMassBankData"), ".mzML", full.names = TRUE) w@files <- files[1:2] ################################################### ### code chunk number 11: RMassBankNonstandard.Rnw:161-169 ################################################### w1 <- msmsWorkflow(w, mode="pH", steps=c(1)) # Here we artificially cut spectra out to make the workflow run faster for the vignette: w1@spectra <- as(lapply(w1@spectra, function(s) { s@children <- s@children[1:3] s }),"SimpleList") w1 <- msmsWorkflow(w1, mode="pH", steps=c(2:7)) ################################################### ### code chunk number 12: RMassBankNonstandard.Rnw:175-184 ################################################### w2 <- msmsWorkflow(w, mode="pH", steps=c(1), confirmMode = 1) # Here we artificially cut spectra out to make the workflow run faster for the vignette: w2@spectra <- as(lapply(w2@spectra, function(s) { s@children <- s@children[1:3] s }),"SimpleList") w2 <- msmsWorkflow(w2, mode="pH", steps=c(2:7)) ################################################### ### code chunk number 13: RMassBankNonstandard.Rnw:190-192 ################################################### wTotal <- combineMultiplicities(c(w1, w2)) wTotal <- msmsWorkflow(wTotal, steps=8, mode="pH", archivename = "output") ################################################### ### code chunk number 14: RMassBankNonstandard.Rnw:197-199 ################################################### mb <- newMbWorkspace(wTotal) # [...] load lists, execute workflow etc. ################################################### ### code chunk number 15: RMassBankNonstandard.Rnw:206-207 ################################################### sessionInfo()