### R code from vignette source 'OrganismDbi.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: columns ################################################### library(Homo.sapiens) columns(Homo.sapiens) ################################################### ### code chunk number 2: keys ################################################### keytypes(Homo.sapiens) ################################################### ### code chunk number 3: keys ################################################### head(keys(Homo.sapiens, keytype="ENTREZID")) ################################################### ### code chunk number 4: select ################################################### k <- head(keys(Homo.sapiens, keytype="ENTREZID"),n=3) select(Homo.sapiens, keys=k, columns=c("TXNAME","SYMBOL"), keytype="ENTREZID") ################################################### ### code chunk number 5: transcripts ################################################### transcripts(Homo.sapiens, columns=c("TXNAME","SYMBOL")) ################################################### ### code chunk number 6: transcriptsBy ################################################### transcriptsBy(Homo.sapiens, by="gene", columns=c("TXNAME","SYMBOL")) ################################################### ### code chunk number 7: setupColData ################################################### gd <- list(join1 = c(GO.db="GOID", org.Hs.eg.db="GO"), join2 = c(org.Hs.eg.db="ENTREZID", TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene="GENEID")) ################################################### ### code chunk number 8: makeOrganismPackage (eval = FALSE) ################################################### ## destination <- tempfile() ## dir.create(destination) ## makeOrganismPackage(pkgname = "Homo.sapiens", ## graphData = gd, ## organism = "Homo sapiens", ## version = "1.0.0", ## maintainer = "Package Maintainer", ## author = "Some Body", ## destDir = destination, ## license = "Artistic-2.0")