### R code from vignette source 'GenePair.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: GenePair.Rnw:127-130 (eval = FALSE) ################################################### ## library("GeneGeneInteR") ## data("gene.pair") ## head(gene.pair$Y) ################################################### ### code chunk number 2: GenePair.Rnw:142-143 (eval = FALSE) ################################################### ## gene.pair$G1 ################################################### ### code chunk number 3: GenePair.Rnw:158-159 (eval = FALSE) ################################################### ## gene.pair$G2 ################################################### ### code chunk number 4: GenePair.Rnw:229-231 (eval = FALSE) ################################################### ## PCA.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1, G2=gene.pair$G2,threshold=0.7, ## method="GenFreq") ################################################### ### code chunk number 5: GenePair.Rnw:252-254 (eval = FALSE) ################################################### ## PCA.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1, G2=gene.pair$G2,threshold=0.7, ## method="Std") ################################################### ### code chunk number 6: GenePair.Rnw:297-298 (eval = FALSE) ################################################### ## CCA.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1, G2=gene.pair$G2,n.boot=500) ################################################### ### code chunk number 7: GenePair.Rnw:341-344 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1234) ## KCCA.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2, ## kernel="rbfdot",sigma = 0.05,n.boot=500) ################################################### ### code chunk number 8: GenePair.Rnw:368-371 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1234) ## KCCA.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2, ## kernel="polydot",degree = 1, scale = 1, offset = 1) ################################################### ### code chunk number 9: GenePair.Rnw:410-412 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1234) ## PLSPM.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,n.perm=1000) ################################################### ### code chunk number 10: GenePair.Rnw:489-491 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1234) ## CLD.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,n.perm=2000) ################################################### ### code chunk number 11: GenePair.Rnw:532-534 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1234) ## GBIGM.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,n.perm=2000) ################################################### ### code chunk number 12: GenePair.Rnw:605-607 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1234) ## minP.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2) ################################################### ### code chunk number 13: GenePair.Rnw:644-646 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1234) ## gates.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,me.est="ChevNy") ################################################### ### code chunk number 14: GenePair.Rnw:668-670 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1234) ## gates.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,alpha=0.05,me.est="Keff") ################################################### ### code chunk number 15: GenePair.Rnw:692-694 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1234) ## gates.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,me.est="LiJi") ################################################### ### code chunk number 16: GenePair.Rnw:716-718 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1234) ## gates.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,me.est="Galwey") ################################################### ### code chunk number 17: GenePair.Rnw:761-763 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1234) ## tTS.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,tau=0.5,n.sim=10000) ################################################### ### code chunk number 18: GenePair.Rnw:785-787 (eval = FALSE) ################################################### ## set.seed(1234) ## tProd.test(Y=gene.pair$Y, G1=gene.pair$G1,G2=gene.pair$G2,tau=0.05,n.sim=1000)