### R code from vignette source 'vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: vignette.Rnw:85-94 ################################################### library(Director) table1 <- data.frame(source=c("DrugX", "DrugX", "miR-B", "miR-B", "miR-B", "miR-A", "miR-A", "transc1", "transc2", "transc3", "transc4"), target=c("miR-B", "miR-A", "transc1", "transc2", "transc3", "transc2", "transc4", "gene1", "gene2", "gene2", "gene3"), value=c(0.6, 0.8, -0.7, -0.4, -0.34, -0.8, -0.6, 0.8, 0.9, 0.88, 0.6), sourcefc=c(1,1,1.5,1.5,1.5, 2.6,2.6,-1.7,-2.6,-1.5,-1.2), targetfc=c(1.5,2.6,-1.7,-2.6,-1.5,-2.6,-1.2,-0.6,-2.2,-2.2,-0.7), stringsAsFactors=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: vignette.Rnw:96-97 ################################################### tempList <- createList(table1) ################################################### ### code chunk number 3: vignette.Rnw:101-112 ################################################### List <- data.frame(source=c("DrugX", "DrugX", "miR-B", "miR-B", "miR-B", "miR-A", "miR-A", "transc1", "transc2", "transc3", "transc4"), target=c("miR-B", "miR-A", "transc1", "transc2", "transc3", "transc2", "transc4", "gene1", "gene2", "gene2", "gene3"), value=c(0.6, 0.8, -0.7, -0.4, -0.34, -0.8, -0.6, 0.8, 0.9, 0.88, 0.6), stringsAsFactors=FALSE) ListFC <- data.frame(genes=c("DrugX", "miR-B", "miR-A", "transc1", "transc2", "transc3", "transc4", "gene1", "gene2", "gene3"), foldChange=c(1, 1.5, 2.6, -1.7, -2.6, -1.5, -1.2, -0.6, -2.2, -0.7), stringsAsFactors=FALSE) ################################################### ### code chunk number 4: vignette.Rnw:114-115 ################################################### tempList2 <- createList(List,ListFC) ################################################### ### code chunk number 5: vignette.Rnw:136-145 ################################################### table1_v2 <- rbind(table1, # add to the example two transcript->gene->transcript loops data.frame(source=c("gene1", "gene2"), target=c("transc1", "transc2"), value=c(0.3, -0.8), sourcefc=c(-0.6,-2.2), targetfc=c(-1.7,-2.6), stringsAsFactors=FALSE)) tempList_v2 <- createList(table1_v2) sankey_loop <- makeSankey(tempList_v2) ################################################### ### code chunk number 6: vignette.Rnw:147-148 ################################################### sankey_loop$reference[,c(1:6)] # note the change in target names! ################################################### ### code chunk number 7: vignette.Rnw:173-176 ################################################### initSankey() sankey <- makeSankey(tempList2) sankeyd <- drawSankey(sankey) ################################################### ### code chunk number 8: vignette.Rnw:184-187 ################################################### initSankey() sankey2 <- makeSankey(tempList2, averagePath=TRUE) sankey2d <- drawSankey(sankey2) ################################################### ### code chunk number 9: vignette.Rnw:200-201 ################################################### colnames(sankey2$reference)[7] <- "averagePath_value" ################################################### ### code chunk number 10: vignette.Rnw:202-203 ################################################### truevalue <- sankey$reference$truevalue ################################################### ### code chunk number 11: vignette.Rnw:205-206 ################################################### cbind(sankey2$reference[,c("source", "target","averagePath_value")],truevalue) ################################################### ### code chunk number 12: vignette.Rnw:226-238 ################################################### # Makes the path colours darker by 10% and uses a single, uniform font size for the figure rather than font sizes proportional to node size. initSankey(pathOpacity = 0.3, pathHover = 0.6, fontsizeProportion = FALSE, fontsize=20) # Changes the default colours used. sankey2 <- makeSankey(tempList2, averagePath=TRUE, nodeMin = "orange", nodeMax = "purple", pathMax = "#333333") # Changes to legend values and overall figure size sankey <- drawSankey(sankey2, caption = "Alternate figure", nodeValue = "Node colour scale", pathValue = "Path colour scale", legendsize = 14, height = 300)