### R code from vignette source 'AffyExpress.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: AffyExpress.Rnw:54-60 ################################################### library(AffyExpress) library(estrogen) datadir <- system.file("extdata", package = "estrogen") phenoD<-read.AnnotatedDataFrame("phenoData.txt", path=datadir, sep="", header=TRUE, row.names="filename") raw<-ReadAffy(filenames=rownames(pData(phenoD)), phenoData= phenoD, celfile.path=datadir) pData(raw) ################################################### ### code chunk number 2: AffyExpress.Rnw:69-70 ################################################### AffyQA (parameters=c("estrogen", "time.h"), raw=raw) ################################################### ### code chunk number 3: AffyExpress.Rnw:86-88 ################################################### normaldata<-pre.process(method="rma", raw=raw) dims(normaldata) ################################################### ### code chunk number 4: AffyExpress.Rnw:93-94 ################################################### filtered<-Filter(object=normaldata, numChip=2, bg=6) ################################################### ### code chunk number 5: AffyExpress.Rnw:124-126 ################################################### design<-make.design(target=pData(filtered), cov="estrogen") design ################################################### ### code chunk number 6: AffyExpress.Rnw:146-149 ################################################### contrast<-make.contrast(design.matrix=design, compare1="present", compare2="absent") contrast ################################################### ### code chunk number 7: AffyExpress.Rnw:165-166 ################################################### result<-regress(object=filtered, design=design, contrast=contrast, method="L", adj="fdr") ################################################### ### code chunk number 8: AffyExpress.Rnw:169-170 ################################################### result[1:3,] ################################################### ### code chunk number 9: AffyExpress.Rnw:176-177 ################################################### select<-select.sig.gene(top.table=result, p.value=0.05, m.value=log2(1.5)) ################################################### ### code chunk number 10: AffyExpress.Rnw:188-189 ################################################### result2html(cdf.name=annotation(filtered), result=select, filename="singleFactor") ################################################### ### code chunk number 11: AffyExpress.Rnw:202-204 ################################################### result.wrapper<-AffyRegress(normal.data=filtered, cov="estrogen", compare1="present", compare2="absent", method="L", adj="fdr", p.value=0.05, m.value=log2(1.5)) ################################################### ### code chunk number 12: AffyExpress.Rnw:219-221 ################################################### design.rb<-make.design(target=pData(filtered), cov=c("estrogen", "time.h")) design.rb ################################################### ### code chunk number 13: AffyExpress.Rnw:233-235 ################################################### contrast.rb<-make.contrast(design.matrix=design.rb, compare1="present", compare2="absent") contrast.rb ################################################### ### code chunk number 14: AffyExpress.Rnw:260-262 ################################################### design.int<-make.design(pData(filtered), cov=c("estrogen", "time.h"), int=c(1,2)) design.int ################################################### ### code chunk number 15: AffyExpress.Rnw:266-268 ################################################### contrast.10<-make.contrast(design.matrix=design.int, compare1 ="present", compare2="absent", level="10") contrast.10 ################################################### ### code chunk number 16: AffyExpress.Rnw:271-273 ################################################### contrast.48<-make.contrast(design.matrix=design.int, compare1 ="present", compare2="absent", level="48") contrast.48 ################################################### ### code chunk number 17: AffyExpress.Rnw:294-296 ################################################### contrast.int<-make.contrast(design.int, interaction=TRUE) contrast.int ################################################### ### code chunk number 18: AffyExpress.Rnw:302-303 ################################################### result.int<-regress(object=filtered, design=design.int, contrast=contrast.int, method="L") ################################################### ### code chunk number 19: AffyExpress.Rnw:310-311 ################################################### select.int<-select.sig.gene(result.int, m.value=log2(1.5), p.value=0.05) ################################################### ### code chunk number 20: AffyExpress.Rnw:316-318 ################################################### sig.ID<-select.int$ID[select.int$significant==TRUE] sig.index<-match(sig.ID, rownames(exprs(filtered))) ################################################### ### code chunk number 21: AffyExpress.Rnw:332-334 ################################################### result2<-post.interaction(strata.var="time.h",compare1="present", compare2="absent", design.int=design.int, object=filtered[sig.index,], method="L",adj="fdr", p.value=0.05, m.value=log2(1.5)) ################################################### ### code chunk number 22: AffyExpress.Rnw:345-346 ################################################### interaction.result2html(cdf.name=annotation(filtered), result=result2, inter.result=result.int) ################################################### ### code chunk number 23: AffyExpress.Rnw:354-356 ################################################### result1<-regress(object=filtered[-sig.index,], design=design, contrast=contrast, method="L", adj="fdr") select<-select.sig.gene(top.table=result1, p.value=0.05, m.value=log2(1.5)) ################################################### ### code chunk number 24: AffyExpress.Rnw:366-369 ################################################### result3<-AffyInteraction(object=filtered, method="L", main.var="estrogen", strata.var = "time.h", compare1="present", compare2="absent", p.int=0.05, m.int=log2(1.5), adj.int="none", p.value=0.05, m.value=log2(1.5), adj="fdr")