### R code from vignette source 'dsq.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: doone (eval = FALSE) ################################################### ## library(geuvPack) ## library(dsQTL) ## tf17 = gtpath(17, useS3=TRUE) ## data(DHStop5_hg19) ## dhs17 = DHStop5_hg19[ seqnames(DHStop5_hg19) == "chr17", ] ## seqlevelsStyle(dhs17) = "NCBI" ## library(gQTLstats) ## c17_1 = cisAssoc(dhs17[1:5,], tf17, cisradius=5000) ## c17_1 ################################################### ### code chunk number 2: lkd (eval = FALSE) ################################################### ## library(dsQTL) ## data(DSQ_17) ## metadata(DSQ_17) ## metadata(DSQ_17)[[1]] ################################################### ### code chunk number 3: lkd2 (eval = FALSE) ################################################### ## data(DSQ_2) ## names(assays(DSQ_2)) ## assays(DSQ_2)[[1]][1:5,1:5] ## rowRanges(DSQ_2) ################################################### ### code chunk number 4: lkd3 (eval = FALSE) ################################################### ## data(eset, package="dsQTL") ## ex ################################################### ### code chunk number 5: lkf (eval = FALSE) ################################################### ## library(Biobase) ## fData(ex)[1:5,,drop=FALSE] ################################################### ### code chunk number 6: domo (eval = FALSE) ################################################### ## library(GGBase) ## ds2 = getSS("dsQTL", "roundGT_2") ################################################### ### code chunk number 7: dose (eval = FALSE) ################################################### ## # need to get rid of SNPlocs package getSNPlocs ## getSNPlocs = dsQTL::getSNPlocs # force ## library(GGtools) ## #library(parallel) ## #options(mc.cores=12) ## n1 = best.cis.eQTLs(smpack="dsQTL", radius=2000, geneannopk="dsQTL", ## snpannopk="dsQTL", chrnames="2", smchrpref="roundGT_", ## smFilter = function(x) GTFfilter(x, lower=0.05)[23810:23830,], ## # geneApply=mclapply) ## geneApply=lapply) ################################################### ### code chunk number 8: lkpr (eval = FALSE) ################################################### ## n1 ################################################### ### code chunk number 9: lkhi (eval = FALSE) ################################################### ## plot_EvG(probeId("dhs_2_45370802"), rsid("chr2.45370846"), getSS("dsQTL", "roundGT_2", ## wrapperEndo=function(x){annotation(x)="dsQTL"; x})) ################################################### ### code chunk number 10: showp1 (eval = FALSE) ################################################### ## proc1 = function(x) { ## library(rtracklayer) ## tmp = import(paste(x, ".qnorm.bed.gz", sep="")) ## stt = split(tmp, space(tmp)) ## obn = paste(x, "_dsq_chr2", sep="") ## assign(obn, stt[["chr2"]]) ## save(list=obn, file=paste(obn, ".rda", sep="")) ## NULL ## } ################################################### ### code chunk number 11: lks ################################################### sessionInfo()