### R code from vignette source 'Workflows-classification.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: Workflows-classification.Rnw:35-39 ################################################### library(Cardinal) options(Cardinal.verbose=FALSE) options(Cardinal.progress=FALSE) options(width=100) ################################################### ### code chunk number 3: Workflows-classification.Rnw:56-58 ################################################### library(CardinalWorkflows) data(rcc, rcc_analyses) ################################################### ### code chunk number 4: ionimages810 (eval = FALSE) ################################################### ## image(rcc, mz=810.5, normalize.image="linear", contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian", layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 5: Workflows-classification.Rnw:122-123 ################################################### image(rcc, mz=810.5, normalize.image="linear", contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian", layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 6: Workflows-classification.Rnw:132-133 ################################################### summary(rcc) ################################################### ### code chunk number 7: Workflows-classification.Rnw:161-162 (eval = FALSE) ################################################### ## rcc.norm <- normalize(rcc, method="tic") ################################################### ### code chunk number 8: Workflows-classification.Rnw:169-170 (eval = FALSE) ################################################### ## rcc.resample <- reduceDimension(rcc.norm, method="resample") ################################################### ### code chunk number 9: Workflows-classification.Rnw:181-182 ################################################### summary(rcc$diagnosis) ################################################### ### code chunk number 10: Workflows-classification.Rnw:187-188 (eval = FALSE) ################################################### ## rcc.small <- rcc.resample[,rcc$diagnosis %in% c("cancer", "normal")] ################################################### ### code chunk number 11: Workflows-classification.Rnw:191-192 ################################################### summary(rcc.small) ################################################### ### code chunk number 12: ionimages215 (eval = FALSE) ################################################### ## image(rcc, mz=215.3, normalize.image="linear", contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian", layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 13: ionimages886 (eval = FALSE) ################################################### ## image(rcc, mz=885.7, normalize.image="linear", contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian", layout=c(4,2)) ## ################################################### ### code chunk number 14: Workflows-classification.Rnw:233-234 ################################################### image(rcc, mz=215.3, normalize.image="linear", contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian", layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 15: Workflows-classification.Rnw:241-242 ################################################### image(rcc, mz=885.7, normalize.image="linear", contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian", layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 16: Workflows-classification.Rnw:260-261 (eval = FALSE) ################################################### ## rcc.pca <- PCA(rcc.small, ncomp=5) ################################################### ### code chunk number 17: Workflows-classification.Rnw:264-265 ################################################### summary(rcc.pca) ################################################### ### code chunk number 18: pcaimages (eval = FALSE) ################################################### ## image(rcc.pca, column="PC1", superpose=FALSE, col.regions=risk.colors(100), layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 19: Workflows-classification.Rnw:279-280 ################################################### image(rcc.pca, column="PC1", superpose=FALSE, col.regions=risk.colors(100), layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 20: pcaloadings (eval = FALSE) ################################################### ## plot(rcc.pca, column=c("PC1", "PC2", "PC3"), superpose=FALSE, layout=c(3,1)) ################################################### ### code chunk number 21: Workflows-classification.Rnw:297-298 ################################################### plot(rcc.pca, column=c("PC1", "PC2", "PC3"), superpose=FALSE, layout=c(3,1)) ################################################### ### code chunk number 22: Workflows-classification.Rnw:306-308 ################################################### pca.normal <- as.data.frame(rcc.pca[[1]]$scores[rcc.small$diagnosis == "normal",]) pca.cancer <- as.data.frame(rcc.pca[[1]]$scores[rcc.small$diagnosis == "cancer",]) ################################################### ### code chunk number 23: pca1versus2 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(PC2 ~ PC1, data=pca.normal, col="blue") ## points(PC2 ~ PC1, data=pca.cancer, col="red") ## legend("top", legend=c("normal", "cancer"), col=c("blue", "red"), pch=1, bg=rgb(1,1,1,0.75)) ################################################### ### code chunk number 24: pca1versus3 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(PC3 ~ PC1, data=pca.normal, col="blue") ## points(PC3 ~ PC1, data=pca.cancer, col="red") ## legend("top", legend=c("normal", "cancer"), col=c("blue", "red"), pch=1, bg=rgb(1,1,1,0.75)) ################################################### ### code chunk number 25: pca2versus3 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(PC3 ~ PC2, data=pca.normal, col="blue") ## points(PC3 ~ PC2, data=pca.cancer, col="red") ## legend("top", legend=c("normal", "cancer"), col=c("blue", "red"), pch=1, bg=rgb(1,1,1,0.75)) ################################################### ### code chunk number 26: Workflows-classification.Rnw:358-359 ################################################### plot(PC2 ~ PC1, data=pca.normal, col="blue") points(PC2 ~ PC1, data=pca.cancer, col="red") legend("top", legend=c("normal", "cancer"), col=c("blue", "red"), pch=1, bg=rgb(1,1,1,0.75)) ################################################### ### code chunk number 27: Workflows-classification.Rnw:366-367 ################################################### plot(PC3 ~ PC1, data=pca.normal, col="blue") points(PC3 ~ PC1, data=pca.cancer, col="red") legend("top", legend=c("normal", "cancer"), col=c("blue", "red"), pch=1, bg=rgb(1,1,1,0.75)) ################################################### ### code chunk number 28: Workflows-classification.Rnw:374-375 ################################################### plot(PC3 ~ PC2, data=pca.normal, col="blue") points(PC3 ~ PC2, data=pca.cancer, col="red") legend("top", legend=c("normal", "cancer"), col=c("blue", "red"), pch=1, bg=rgb(1,1,1,0.75)) ################################################### ### code chunk number 29: Workflows-classification.Rnw:408-409 ################################################### summary(rcc.small$sample) ################################################### ### code chunk number 30: Workflows-classification.Rnw:416-417 (eval = FALSE) ################################################### ## rcc.cv.pls <- cvApply(rcc.small, .y=rcc.small$diagnosis, .fun="PLS", ncomp=1:15) ################################################### ### code chunk number 31: plsaccuracy (eval = FALSE) ################################################### ## plot(summary(rcc.cv.pls)) ################################################### ### code chunk number 32: Workflows-classification.Rnw:428-429 ################################################### summary(rcc.cv.pls)$accuracy[["ncomp = 10"]] ################################################### ### code chunk number 33: Workflows-classification.Rnw:435-436 ################################################### plot(summary(rcc.cv.pls)) ################################################### ### code chunk number 34: plsimages ################################################### image(rcc.cv.pls, model=list(ncomp=10), layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 35: Workflows-classification.Rnw:463-464 ################################################### image(rcc.cv.pls, model=list(ncomp=10), layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 36: Workflows-classification.Rnw:480-481 (eval = FALSE) ################################################### ## rcc.pls <- PLS(rcc.small, y=rcc.small$diagnosis, ncomp=10) ################################################### ### code chunk number 37: plscoef (eval = FALSE) ################################################### ## plot(rcc.pls) ################################################### ### code chunk number 38: Workflows-classification.Rnw:493-494 ################################################### plot(rcc.pls) ################################################### ### code chunk number 39: Workflows-classification.Rnw:503-504 ################################################### topLabels(rcc.pls) ################################################### ### code chunk number 40: ionimages751 (eval = FALSE) ################################################### ## image(rcc.small, mz=751, layout=c(4,2), normalize.image="linear", contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian") ################################################### ### code chunk number 41: Workflows-classification.Rnw:516-517 ################################################### image(rcc.small, mz=751, layout=c(4,2), normalize.image="linear", contrast.enhance="histogram", smooth.image="gaussian") ################################################### ### code chunk number 42: Workflows-classification.Rnw:539-540 (eval = FALSE) ################################################### ## rcc.cv.opls <- cvApply(rcc.small, .y=rcc.small$diagnosis, .fun="OPLS", ncomp=1:15, keep.Xnew=FALSE) ################################################### ### code chunk number 43: oplsaccuracy (eval = FALSE) ################################################### ## plot(summary(rcc.cv.opls)) ################################################### ### code chunk number 44: Workflows-classification.Rnw:549-550 ################################################### summary(rcc.cv.pls)$accuracy[["ncomp = 12"]] ################################################### ### code chunk number 45: Workflows-classification.Rnw:556-557 ################################################### plot(summary(rcc.cv.opls)) ################################################### ### code chunk number 46: oplsimages (eval = FALSE) ################################################### ## image(rcc.cv.opls, model=list(ncomp=12), layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 47: Workflows-classification.Rnw:575-576 ################################################### image(rcc.cv.opls, model=list(ncomp=12), layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 48: Workflows-classification.Rnw:589-591 (eval = FALSE) ################################################### ## rcc.opls <- OPLS(rcc.small, y=rcc.small$diagnosis, ncomp=12, ## keep.Xnew=FALSE) ################################################### ### code chunk number 49: oplscoef (eval = FALSE) ################################################### ## plot(rcc.opls) ################################################### ### code chunk number 50: Workflows-classification.Rnw:603-604 ################################################### plot(rcc.opls) ################################################### ### code chunk number 51: Workflows-classification.Rnw:614-615 ################################################### topLabels(rcc.opls) ################################################### ### code chunk number 52: Workflows-classification.Rnw:651-652 (eval = FALSE) ################################################### ## rcc.cv.sscg <- cvApply(rcc.small, .y=rcc.small$diagnosis, .fun="spatialShrunkenCentroids", method="gaussian", r=c(1,2,3), s=c(0,4,8,12,16,20,24,28)) ################################################### ### code chunk number 53: Workflows-classification.Rnw:657-658 (eval = FALSE) ################################################### ## rcc.cv.ssca <- cvApply(rcc.small, .y=rcc.small$diagnosis, .fun="spatialShrunkenCentroids", method="adaptive", r=c(1,2,3), s=c(0,4,8,12,16,20,24,28)) ################################################### ### code chunk number 54: sscgaccuracy (eval = FALSE) ################################################### ## plot(summary(rcc.cv.sscg)) ################################################### ### code chunk number 55: sscaaccuracy (eval = FALSE) ################################################### ## plot(summary(rcc.cv.ssca)) ################################################### ### code chunk number 56: Workflows-classification.Rnw:676-677 ################################################### plot(summary(rcc.cv.sscg)) ################################################### ### code chunk number 57: Workflows-classification.Rnw:684-685 ################################################### plot(summary(rcc.cv.ssca)) ################################################### ### code chunk number 58: sscgimages ################################################### image(rcc.cv.sscg, model=list(r=3, s=20), layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 59: sscaimages ################################################### image(rcc.cv.ssca, model=list(r=3, s=20), layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 60: Workflows-classification.Rnw:718-719 ################################################### image(rcc.cv.sscg, model=list(r=3, s=20), layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 61: Workflows-classification.Rnw:726-727 ################################################### image(rcc.cv.ssca, model=list(r=3, s=20), layout=c(4,2)) ################################################### ### code chunk number 62: Workflows-classification.Rnw:744-747 (eval = FALSE) ################################################### ## rcc.sscg <- spatialShrunkenCentroids(rcc.small, y=rcc.small$diagnosis, r=3, s=20, method="gaussian") ## ## rcc.ssca <- spatialShrunkenCentroids(rcc.small, y=rcc.small$diagnosis, r=3, s=20, method="adaptive") ################################################### ### code chunk number 63: sscgtstat ################################################### plot(rcc.sscg, mode="tstatistics", model=list(r=3, s=20)) ################################################### ### code chunk number 64: sscatstat ################################################### plot(rcc.ssca, mode="tstatistics", model=list(r=3, s=20)) ################################################### ### code chunk number 65: Workflows-classification.Rnw:765-766 ################################################### plot(rcc.sscg, mode="tstatistics", model=list(r=3, s=20)) ################################################### ### code chunk number 66: Workflows-classification.Rnw:773-774 ################################################### plot(rcc.ssca, mode="tstatistics", model=list(r=3, s=20)) ################################################### ### code chunk number 67: Workflows-classification.Rnw:784-786 ################################################### summary(rcc.sscg) summary(rcc.ssca) ################################################### ### code chunk number 68: Workflows-classification.Rnw:793-795 ################################################### topLabels(rcc.sscg) topLabels(rcc.ssca) ################################################### ### code chunk number 69: Workflows-classification.Rnw:812-813 ################################################### toLatex(sessionInfo())