### R code from vignette source 'sscore.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: sscore.Rnw:71-74 ################################################### library(sscore) options(width=60) library(affydata) ################################################### ### code chunk number 2: sscore.Rnw:97-104 ################################################### data(Dilution) ## get the example data ## get the path to the package directory pathname <- system.file("doc",package="sscore") cel <- Dilution[,c(1,3)] ## only need the first 2 samples per condition SScore.basic <- SScore(cel,celfile.path=pathname, SF=c(4.46,5.72),SDT=c(57.241,63.581),rm.extra=FALSE) ################################################### ### code chunk number 3: sscore.Rnw:109-110 ################################################### exprs(SScore.basic)[1:20] ################################################### ### code chunk number 4: sscore.Rnw:216-217 ################################################### labels <- c(0,0,0,1,1,1) ################################################### ### code chunk number 5: sscore.Rnw:227-233 ################################################### data(Dilution) pathname <- system.file("doc",package="sscore") cel <- Dilution SScore.multi <- SScore(cel,classlabel=c(0,0,1,1), SF=c(4.46,6.32,5.72,9.22),SDT=c(57.241,53.995,63.581, 69.636),celfile.path=pathname,rm.extra=FALSE) ################################################### ### code chunk number 6: sscore.Rnw:238-239 ################################################### exprs(SScore.multi)[1:20] ################################################### ### code chunk number 7: sscore.Rnw:285-291 ################################################### data(Dilution) pathname <- system.file("doc",package="sscore") compare <- matrix(c(1,2,1,3,1,4),ncol=2,byrow=TRUE) SScoreBatch.basic <- SScoreBatch(Dilution,compare=compare, SF=c(4.46,6.32,5.72,9.22),SDT=c(57.241,53.995,63.58,169.636), celfile.path=pathname,rm.extra=FALSE) ################################################### ### code chunk number 8: sscore.Rnw:296-297 ################################################### exprs(SScoreBatch.basic)[1:10,] ################################################### ### code chunk number 9: sscore.Rnw:331-334 ################################################### sscores <- exprs(SScore.basic) ## extract the S-Score values ## find those greater than 3 SD signif <- geneNames(Dilution)[abs(sscores) >= 3] ################################################### ### code chunk number 10: sscore.Rnw:339-344 ################################################### sscores <- exprs(SScore.basic) ## extract the S-Score values p.values.1 <- 1 - pnorm(abs(sscores)) ## find the corresponding ## one-sided p-values p.values.2 <- 2*(1 - pnorm(abs(sscores))) ## find the corresponding ## two-sided p-values