### R code from vignette source 'tdt-vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: family-data ################################################### require(snpStats) data(families) genotypes head(pedData) ################################################### ### code chunk number 2: mis-inheritances ################################################### mis <- misinherits(data=pedData, snp.data=genotypes) dim(mis) ################################################### ### code chunk number 3: per-subj-snp ################################################### per.subj <- apply(mis, 1, sum, na.rm=TRUE) per.snp <- apply(mis, 2, sum, na.rm=TRUE) par(mfrow = c(1, 2)) hist(per.subj,main='Histogram per Subject', xlab='Subject') hist(per.snp,main='Histogram per SNP', xlab='SNP') ################################################### ### code chunk number 4: per-family ################################################### fam <- pedData[rownames(mis), "familyid"] per.fam <- tapply(per.subj, fam, sum) par(mfrow = c(1, 1)) hist(per.fam, main='Histogram per Family', xlab='Family') ################################################### ### code chunk number 5: tdt-tests ################################################### tests <- tdt.snp(data = pedData, snp.data = genotypes) cbind(p.values.1df = p.value(tests, 1), p.values.2df = p.value(tests, 2)) qq.chisq(chi.squared(tests, 1), df = 1)