### R code from vignette source 'sapFinder.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: createdb ################################################### library(sapFinder) vcf <- system.file("extdata/sapFinder_test.vcf", package="sapFinder") annotation <- system.file("extdata/sapFinder_test_ensGene.txt", package="sapFinder") refseq <- system.file("extdata/sapFinder_test_ensGeneMrna.fa", package="sapFinder") xref <- system.file("extdata/sapFinder_test_BioMart.Xref.txt", package="sapFinder") outdir <- "db_dir" prefix <- "sapFinder_test" db.files <- dbCreator(vcf=vcf, annotation=annotation, refseq=refseq, outdir=outdir, prefix=prefix,xref=xref) ################################################### ### code chunk number 3: databasesearching ################################################### outdir<-"." mgf.path <- system.file("extdata/sapFinder_test.mgf", package="sapFinder") protein.db <- db.files[1] xml.path <- runTandem(spectra=mgf.path, fasta=protein.db, outdir = outdir,tol=10, tolu="ppm", itol=0.1, itolu="Daltons") ################################################### ### code chunk number 4: parserGear ################################################### parserGear(file=xml.path, db=db.files[1], outdir='parser_outdir', prefix=prefix) ################################################### ### code chunk number 5: mascotParser (eval = FALSE) ################################################### ## dat_file<-"mascot_raw.dat" ## parserGear(file=dat_file, db=db.files[1], ## outdir='parser_outdir', prefix=prefix) ################################################### ### code chunk number 6: reportg ################################################### reportCreator(indir="parser_outdir", db= db.files[1], varInfor=db.files[2],prefix=prefix) ################################################### ### code chunk number 7: auto ################################################### vcf <- system.file("extdata/sapFinder_test.vcf", package="sapFinder") annotation <- system.file("extdata/sapFinder_test_ensGene.txt", package="sapFinder") refseq <- system.file("extdata/sapFinder_test_ensGeneMrna.fa", package="sapFinder") mgf.path <- system.file("extdata/sapFinder_test.mgf", package="sapFinder") xref <- system.file("extdata/sapFinder_test_BioMart.Xref.txt", package="sapFinder") easyRun(vcf=vcf,annotation=annotation,refseq=refseq, outdir="test",prefix="sapFinder_test", spectra=mgf.path,cpu=0,tol=10, tolu="ppm", itol=0.1,itolu="Daltons",xref=xref) ################################################### ### code chunk number 8: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())