### R code from vignette source 'phenoDist.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: init ################################################### display <- function(...) {invisible()} ################################################### ### code chunk number 2: library ################################################### library('imageHTS') ################################################### ### code chunk number 3: imageHTSSetup ################################################### localPath <- file.path(tempdir(), 'kimorph') serverURL <- 'http://www.ebi.ac.uk/huber-srv/cellmorph/kimorph/' x <- parseImageConf('conf/imageconf.txt', localPath=localPath, serverURL=serverURL) x <- configure(x, 'conf/description.txt', 'conf/plateconf.txt', 'conf/screenlog.txt') x <- annotate(x, 'conf/annotation.txt') ################################################### ### code chunk number 4: imageHTSAnalysis (eval = FALSE) ################################################### ## unames <- setdiff(getUnames(x), getUnames(x, content='empty')) ## segmentWells(x, uname=uname, segmentationPar='conf/segmentationpar.txt') ## extractFeatures(x, uname, 'conf/featurepar.txt') ################################################### ### code chunk number 5: library ################################################### library('phenoDist') ################################################### ### code chunk number 6: PDM (eval = FALSE) ################################################### ## profiles <- summarizeWells(x, unames, 'conf/featurepar.txt') ## load(system.file('kimorph', 'selectedFtrs.rda', package='phenoDist')) ## pcaPDM <- PDMByWellAvg(profiles, selectedWellFtrs=selectedWellFtrs, transformMethod='PCA', ## distMethod='euclidean', nPCA=30) ## svmAccPDM <- PDMBySvmAccuracy(x, unames, selectedCellFtrs=selectedCellFtrs, cross=5, cost=1, ## gamma=2^-5, kernel='radial') ################################################### ### code chunk number 7: loadSvmAccPDM_Pl1 ################################################### load(system.file('kimorph', 'svmAccPDM_Pl1.rda', package='phenoDist')) dim(svmAccPDM_Pl1) svmAccPDM_Pl1[1:5,1:5] ################################################### ### code chunk number 8: repDistRank ################################################### ranking <- repDistRank(x, distMatrix=svmAccPDM_Pl1) summary(ranking) ################################################### ### code chunk number 9: distToNeg ################################################### pheno <- distToNeg(x, distMatrix=svmAccPDM_Pl1, neg='rluc') df <- data.frame(pheno=pheno,gene=getWellFeatures(x, uname=rownames(svmAccPDM_Pl1), feature='GeneID')) df <- df[order(pheno, decreasing=T),] head(df) ################################################### ### code chunk number 10: repCorr ################################################### repCorr(x, pheno) ################################################### ### code chunk number 11: ctlSeparation ################################################### ctlSeparatn(x, pheno, neg='rluc', pos='ubc', method='robust') ################################################### ### code chunk number 12: clustering ################################################### phenoCluster <- clusterDist(x, distMatrix=svmAccPDM_Pl1, clusterFun='hclust', method='ward') ################################################### ### code chunk number 13: enrichment (eval = FALSE) ################################################### ## library('GOstats') ## GOEnrich <- enrichAnalysis(x, cl=cutree(phenoCluster, k=5), terms='GO', annotation='org.Hs.eg.db', ## pvalueCutoff=0.01, testDirection='over', ontology='BP', conditional=TRUE) ################################################### ### code chunk number 14: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())