### R code from vignette source 'logicFS.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: logicFS.Rnw:56-57 ################################################### library(logicFS) ################################################### ### code chunk number 2: logicFS.Rnw:62-63 ################################################### data(data.logicfs) ################################################### ### code chunk number 3: logicFS.Rnw:94-95 ################################################### bin.snps<-make.snp.dummy(data.logicfs) ################################################### ### code chunk number 4: logicFS.Rnw:107-108 ################################################### my.anneal<-logreg.anneal.control(start=2, end=-2, iter=10000) ################################################### ### code chunk number 5: logicFS.Rnw:114-115 ################################################### log.out<-logicFS(bin.snps, cl.logicfs, B=20, nleaves=10, rand=123, anneal.control=my.anneal) ################################################### ### code chunk number 6: logicFS.Rnw:124-125 ################################################### log.out ################################################### ### code chunk number 7: logicFS.Rnw:136-137 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(log.out) ################################################### ### code chunk number 8: logicFS.Rnw:167-169 ################################################### bag.out<-logic.bagging(bin.snps, cl.logicfs, B=20, nleaves=10, rand=123, anneal.control=my.anneal) bag.out ################################################### ### code chunk number 9: logicFS.Rnw:176-177 ################################################### bag.out$vim ################################################### ### code chunk number 10: logicFS.Rnw:185-186 ################################################### cl.preds<-predict(bag.out,bin.snps) ################################################### ### code chunk number 11: logicFS.Rnw:192-193 ################################################### mean(cl.preds!=cl.logicfs)