### R code from vignette source 'GettingStartedWithFlowStats.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadGvHD ################################################### library(flowStats) data(ITN) ################################################### ### code chunk number 2: transform ################################################### wf <- workFlow(ITN) tl <- transformList(colnames(ITN)[3:7], asinh, transformationId="asinh") add(wf, tl) ################################################### ### code chunk number 3: lymphGate ################################################### lg <- lymphGate(Data(wf[["asinh"]]), channels=c("SSC", "CD3"), preselection="CD4", filterId="TCells", eval=FALSE, scale=2.5) add(wf, lg$n2gate, parent="asinh") ################################################### ### code chunk number 4: lymphGatePlot ################################################### library(flowViz) print(xyplot(SSC ~ CD3| PatientID, wf[["TCells+"]], par.settings=list(gate=list(col="red", fill="red", alpha=0.3)))) ################################################### ### code chunk number 5: variation ################################################### pars <- colnames(Data(wf[["base view"]]))[c(3,4,5,7)] print(densityplot(PatientID~., Data(wf[["TCells+"]]), channels=pars, groups=GroupID, scales=list(y=list(draw=F)), filter=lapply(pars, curv1Filter), layout=c(4,1))) ################################################### ### code chunk number 6: norm ################################################### norm <- normalization(normFun=function(x, parameters, ...) warpSet(x, parameters, ...), parameters=pars, arguments=list(grouping="GroupID", monwrd=TRUE), normalizationId="Warping") add(wf, norm, parent="TCells+") ################################################### ### code chunk number 7: normPlot ################################################### print(densityplot(PatientID~., Data(wf[["Warping"]]), channels=pars, groups=GroupID, scales=list(y=list(draw=F)), filter=lapply(pars, curv1Filter), layout=c(4,1))) ################################################### ### code chunk number 8: quadGate ################################################### qgate <- quadrantGate(Data(wf[["Warping"]]), stains=c("CD4", "CD8"), filterId="CD4CD8", sd=3) add(wf, qgate, parent="Warping") ################################################### ### code chunk number 9: quadGatePlot ################################################### print(xyplot(CD8 ~ CD4 | PatientID, wf[["CD4+CD8+"]], par.settings=list(gate=list(fill="transparent", col="red")))) ################################################### ### code chunk number 10: rangeGate ################################################### CD69rg <- rangeGate(Data(wf[["Warping"]]), stain="CD69", alpha=0.75, filterId="CD4+CD8-CD69", sd=2.5) add(wf, CD69rg, parent="CD4+CD8-") ################################################### ### code chunk number 11: rangeGatePlot ################################################### print(densityplot(PatientID ~ CD69, Data(wf[["CD4+CD8-"]]), main = "CD4+", groups=GroupID, refline=CD69rg@min)) ################################################### ### code chunk number 12: createData ################################################### dat <- Data(wf[["Warping"]]) ################################################### ### code chunk number 13: rawData ################################################### print( xyplot(CD8 ~ CD4 , dat, main= "Experimental data set")) ################################################### ### code chunk number 14: createControlData ################################################### datComb <- as(dat,"flowFrame") subCount <- nrow(exprs(datComb))/length(dat) sf <- sampleFilter(filterId="mySampleFilter", size=subCount) fres <- filter(datComb, sf) ctrlData <- Subset(datComb, fres) ctrlData <- ctrlData[,-ncol(ctrlData)] ##remove the column name "original" ################################################### ### code chunk number 15: BinControlData ################################################### minRow=subCount*0.05 refBins<-proBin(ctrlData,minRow,channels=c("CD4","CD8")) ################################################### ### code chunk number 16: controlBinsPlot ################################################### plotBins(refBins,ctrlData,channels=c("CD4","CD8"),title="Control Data") ################################################### ### code chunk number 17: binSampleData ################################################### sampBins <- fsApply(dat,function(x){ binByRef(refBins,x) }) ################################################### ### code chunk number 18: pearsonStat ################################################### pearsonStat <- lapply(sampBins,function(x){ calcPearsonChi(refBins,x) }) ################################################### ### code chunk number 19: Roderers PBin metric ################################################### sCount <- fsApply(dat,nrow) pBStat <-lapply(seq_along(sampBins),function(x){ calcPBChiSquare(refBins,sampBins[[x]],subCount,sCount[x]) }) ################################################### ### code chunk number 20: plotBinsresiduals ################################################### par(mfrow=c(4,4),mar=c(1.5,1.5,1.5,1.5)) plotBins(refBins,ctrlData,channels=c("CD4","CD8"),title="Control Data") patNames <-sampleNames(dat) tm<-lapply(seq_len(length(dat)),function(x){ plotBins(refBins,dat[[x]],channels=c("CD4","CD8"), title=patNames[x], residuals=pearsonStat[[x]]$residuals[2,], shadeFactor=0.7) } ) ################################################### ### code chunk number 21: chiSqstatisticvalues ################################################### library(xtable) chi_Square_Statistic <- unlist(lapply(pearsonStat,function(x){ x$statistic })) pBin_Statistic <-unlist(lapply(pBStat,function(x){ x$pbStat })) frame <- data.frame(chi_Square_Statistic, pBin_Statistic) rownames(frame) <- patNames ################################################### ### code chunk number 22: GettingStartedWithFlowStats.Rnw:336-337 ################################################### print(xtable(frame)) ################################################### ### code chunk number 23: GettingStartedWithFlowStats.Rnw:343-344 ################################################### toLatex(sessionInfo())