### R code from vignette source 'cellGrowth.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: set_width ################################################### options( width = 60 ) ################################################### ### code chunk number 2: loadlib ################################################### library(cellGrowth) ################################################### ### code chunk number 3: cellGrowth.Rnw:61-62 ################################################### options(continue=" ") ################################################### ### code chunk number 4: loadex ################################################### examplePath = system.file("extdata", package="cellGrowth") dat = readYeastGrower(file.path(examplePath,"Plate2_YPFruc.txt")) fit = fitCellGrowth( x=dat$time, z=log2(dat$OD[[which(getWellIdsTecan(dat) == "F02")]]) ) plot(fit, scaleX=1/(60*60), xlab="time (hours)") ################################################### ### code chunk number 5: attrex ################################################### attributes(fit)[c(3,4,5,6)] ################################################### ### code chunk number 6: filemachinerunex ################################################### mr_file = read.delim(file.path(examplePath,"machineRun.txt")) mr_file ################################################### ### code chunk number 7: fileplatelayoutex ################################################### pl_file = read.delim(file.path(examplePath,"plateLayout.txt")) head(pl_file) ################################################### ### code chunk number 8: plateplot2ex ################################################### well = wellDataFrame( file.path(examplePath,"plateLayout.txt"), file.path(examplePath,"machineRun.txt") ) plot(well,labelColumn="strain",scaleX=1/3600,xlab="time in hours") ################################################### ### code chunk number 9: fitmultipleex ################################################### fits <- fitCellGrowths(well) ################################################### ### code chunk number 10: fitmultipleexhead ################################################### head(fits) ################################################### ### code chunk number 11: bandwidthex ################################################### ## Not run: # bw <- bandwidthCV( # well, # bandwidths=seq(0.5*3600,10*3600, length.out=30) # ) ## End(Not run) ################################################### ### code chunk number 12: toolowbwex ################################################### fit_small = fitCellGrowth( x=dat$time, z=log2(dat$OD[[which(getWellIdsTecan(dat) == "E09")]]), locfit.h=1800 ) plot(fit_small) ################################################### ### code chunk number 13: rightbwex ################################################### fit_big = fitCellGrowth( x=dat$time, z=log2(dat$OD[[which(getWellIdsTecan(dat) == "E09")]]), locfit.h=24000 ) plot(fit_big) ################################################### ### code chunk number 14: owndataex ################################################### own_file = read.delim(file.path(examplePath,"customDataFormat.txt")) head(own_file) x = own_file[[1]] z = own_file[[2]] fit = fitCellGrowth(x,z) attr(fit,"maxGrowth") attr(fit,"pointOfMaxGrowth")