### R code from vignette source 'UniProt.ws.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadPkg ################################################### library(UniProt.ws) up <- UniProt.ws(taxId=9606) ################################################### ### code chunk number 2: help (eval = FALSE) ################################################### ## help("UniProt.ws") ################################################### ### code chunk number 3: show ################################################### up ################################################### ### code chunk number 4: availSpecies ################################################### availableUniprotSpecies(pattern="musculus") ################################################### ### code chunk number 5: setTaxID ################################################### mouseUp <- UniProt.ws(10090) mouseUp ################################################### ### code chunk number 6: columns ################################################### head(keytypes(up)) ################################################### ### code chunk number 7: keytypes ################################################### head(columns(up)) ################################################### ### code chunk number 8: keys (eval = FALSE) ################################################### ## egs = keys(up, "ENTREZ_GENE") ################################################### ### code chunk number 9: select ################################################### keys <- c("1","2") columns <- c("PDB","UNIGENE","SEQUENCE") kt <- "ENTREZ_GENE" res <- select(up, keys, columns, kt) head(res)