### R code from vignette source 'NCIgraph.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: lib ################################################### library(NCIgraph) ################################################### ### code chunk number 2: data ################################################### data("NCIgraphVignette", package="NCIgraph") ################################################### ### code chunk number 3: data ################################################### grList <- getNCIPathways(cyList=NCI.demo.cyList, parseNetworks=TRUE, entrezOnly=TRUE, verbose=TRUE)$pList ################################################### ### code chunk number 4: lib2 ################################################### library('Rgraphviz') ################################################### ### code chunk number 5: plotRaw ################################################### graph <- NCI.demo.cyList[[1]] gNames <- unlist(lapply(graph@nodeData@data,FUN=function(e) e$biopax.name)) names(gNames) <- nodes(graph) graph <- layoutGraph(graph) nodeRenderInfo(graph) <- list(label=gNames, cex=0.75) renderGraph(graph) ################################################### ### code chunk number 6: plotParsed ################################################### graph <- grList[[1]] gNames <- unlist(lapply(graph@nodeData@data,FUN=function(e) unique(e$biopax.xref.ENTREZGENE))) names(gNames) <- nodes(graph) graph <- layoutGraph(graph) nodeRenderInfo(graph) <- list(label=gNames, cex=0.75) renderGraph(graph) ################################################### ### code chunk number 7: rawGraph ################################################### graph <- NCI.demo.cyList[[1]] gNames <- unlist(lapply(graph@nodeData@data,FUN=function(e) e$biopax.name)) names(gNames) <- nodes(graph) graph <- layoutGraph(graph) nodeRenderInfo(graph) <- list(label=gNames, cex=0.75) renderGraph(graph) ################################################### ### code chunk number 8: parsedGraph ################################################### graph <- grList[[1]] gNames <- unlist(lapply(graph@nodeData@data,FUN=function(e) unique(e$biopax.xref.ENTREZGENE))) names(gNames) <- nodes(graph) graph <- layoutGraph(graph) nodeRenderInfo(graph) <- list(label=gNames, cex=0.75) renderGraph(graph)