### R code from vignette source 'QTL_Mapping_DO_Mice.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### library(DOQTL) library(MUGAExampleData) data(pheno) data(model.probs) ################################################### ### code chunk number 2: kinship ################################################### K = kinship.probs(model.probs) ################################################### ### code chunk number 3: covar ################################################### covar = data.frame(sex = as.numeric(pheno$Sex == "M"), diet = as.numeric(pheno$Diet == "hf")) rownames(covar) = rownames(pheno) ################################################### ### code chunk number 4: snps ################################################### load(url("ftp://ftp.jax.org/MUGA/muga_snps.Rdata")) ################################################### ### code chunk number 5: scanone ################################################### qtl = scanone(pheno = pheno, pheno.col = "HDW2", probs = model.probs, K = K, addcovar = covar, snps = muga_snps) ################################################### ### code chunk number 6: perms ################################################### perms = scanone.perm(pheno = pheno, pheno.col = "HDW2", probs = model.probs, addcovar = covar, snps = muga_snps, nperm = 100) thr = quantile(perms, probs = 0.95) ################################################### ### code chunk number 7: qtlplot ################################################### plot(qtl, sig.thr = thr, main = "HDW2") ################################################### ### code chunk number 8: fig1 ################################################### plot(qtl, sig.thr = thr, main = "HDW2") ################################################### ### code chunk number 9: coefplot ################################################### coefplot(qtl, chr = 9) ################################################### ### code chunk number 10: fig2 ################################################### coefplot(qtl, chr = 9) ################################################### ### code chunk number 11: QTL_Mapping_DO_Mice.Rnw:177-179 ################################################### interval = bayesint(qtl, chr = 9) interval ################################################### ### code chunk number 12: mergeplot ################################################### ma = assoc.map(pheno = pheno, pheno.col = "HDW2", probs = model.probs, K = K, addcovar = covar, snps = muga_snps, chr = interval[1,2], start = interval[1,3], end = interval[3,3]) tmp = assoc.plot(ma, thr = 4) unique(tmp$sdps) ################################################### ### code chunk number 13: fig3 ################################################### ma = assoc.map(pheno = pheno, pheno.col = "HDW2", probs = model.probs, K = K, addcovar = covar, snps = muga_snps, chr = interval[1,2], start = interval[1,3], end = interval[3,3]) tmp = assoc.plot(ma, thr = 4) unique(tmp$sdps) ################################################### ### code chunk number 14: get_genes ################################################### mgi = get.mgi.features(chr = interval[1,2], start = interval[1,3], end = interval[3,3], type = "gene", source = "MGI") nrow(mgi) head(mgi) ################################################### ### code chunk number 15: sessionInfo ################################################### sessionInfo()