### R code from vignette source 'simpleAffy.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: simpleAffy.Rnw:61-63 ################################################### library(simpleaffy) ##the affy package also gets loaded library(affy) ################################################### ### code chunk number 2: simpleAffy.Rnw:121-123 ################################################### library(simpleaffy) ##load the simpleaffy package ##(which loads the affy package too) ################################################### ### code chunk number 3: simpleAffy.Rnw:227-228 ################################################### data(qcs) ################################################### ### code chunk number 4: simpleAffy.Rnw:234-245 ################################################### ratios(qcs) avbg(qcs) maxbg(qcs) minbg(qcs) spikeInProbes(qcs) qcProbes(qcs) percent.present(qcs) plot(qcs) sfs(qcs) target(qcs) ratios(qcs) ################################################### ### code chunk number 5: simpleAffy.Rnw:258-259 ################################################### plot(qcs) ################################################### ### code chunk number 6: simpleAffy.Rnw:676-677 ################################################### cleancdfname("HGU_133_plus_2")