### R code from vignette source 'ontoCAT.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## library(ontoCAT) ## efo <- getEFO() ## biotop <- getOntology("http://purl.org/biotop/biotop.owl") ################################################### ### code chunk number 2: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## getAllTerms(biotop) ## getAllTermIds(efo) ################################################### ### code chunk number 3: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## term_efo <- getTermById(efo,"EFO_0000322") ## term_biotop <- getTermById(biotop,"DeadBody") ## getTermNameById(efo,"EFO_0000311") ## getTermNameById(biotop,"EmbryonicStructure") ################################################### ### code chunk number 4: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## getAllTermParentsById(efo,"EFO_0000322") ## getAllTermChildrenById(biotop,"DeadBody") ## getAllTermParents(efo,term_efo) ## getAllTermChildren(biotop,term_biotop) ################################################### ### code chunk number 5: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## getTermParentsById(efo,"EFO_0000322") ## getTermChildrenById(efo,"EFO_0000322") ## getTermParents(efo,term_efo) ## getTermChildren(biotop,term_biotop) ################################################### ### code chunk number 6: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## getTermAndAllChildren(efo,term_efo) ## getTermAndAllChildrenById(biotop,"DeadBody") ################################################### ### code chunk number 7: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## showHierarchyDownToTermById(efo,"EFO_0000322") ## showHierarchyDownToTerm(efo,term_efo) ################################################### ### code chunk number 8: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## getTermDefinitionsById(efo,"EFO_0000322") ## getTermSynonymsById(efo,"EFO_0000322") ## getTermDefinitions(efo,term_efo) ## getTermSynonyms(efo,term_efo) ################################################### ### code chunk number 9: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## getOntologyAccession(efo) ## getOntologyDescription(efo) ################################################### ### code chunk number 10: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## hasTerm(efo,"CL000023") ## hasTerm(efo,"EFO_0000322") ################################################### ### code chunk number 11: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## searchTerm(efo,"thymus") ## searchTermPrefix(efo,"thym") ################################################### ### code chunk number 12: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## isRootById(efo,"EFO_0000322") ## isRoot(efo,term_efo) ## getRoots(efo) ## getRootIds(efo) ################################################### ### code chunk number 13: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## getOntologyRelationNames(efo) ################################################### ### code chunk number 14: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## getTermRelationNamesById(efo,"EFO_0000322") ## getTermRelationNames(efo,term_efo) ################################################### ### code chunk number 15: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## getTermRelationsById(efo,"EFO_0000322","has_part") ## getTermRelations(efo,term_efo,"has_part") ################################################### ### code chunk number 16: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## getEFOBranchRootIds(efo) ## isEFOBranchRootById(efo,"EFO_0000322") ## isEFOBranchRoot(efo,term_efo) ################################################### ### code chunk number 17: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## term <- getTermById(efo,"EFO_0000322") ## getLabel(term) ## getAccession(term) ## term ################################################### ### code chunk number 18: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## library(ontoCAT) ## batch <- getEFOBatch() ################################################### ### code chunk number 19: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## searchTermInBatch(batch,"thymus") ################################################### ### code chunk number 20: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## searchTermInBioportal(batch,"thymus") ## searchTermInOLS(batch,"thymus") ################################################### ### code chunk number 21: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## searchTermInAll(batch,"thymus") ################################################### ### code chunk number 22: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## addOntology(batch,"http://purl.org/biotop/biotop.owl") ## addEFO(batch) ################################################### ### code chunk number 23: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## listLoadedOntologies(batch) ################################################### ### code chunk number 24: R.hide (eval = FALSE) ################################################### ## ontology <- getOntologyFromBatch(batch,"EFO")