### R code from vignette source 'myvariant.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: myvariant.Rnw:32-34 ################################################### library(myvariant) library(VariantAnnotation) ################################################### ### code chunk number 3: myvariant.Rnw:37-40 ################################################### file.path <- system.file("extdata", "dbsnp_mini.vcf", package="myvariant") vcf <- readVcf(file.path, genome="hg19") rowRanges(vcf) ################################################### ### code chunk number 4: myvariant.Rnw:46-48 ################################################### hgvs <- formatHgvs(vcf, variant_type="snp") head(hgvs) ################################################### ### code chunk number 5: myvariant.Rnw:59-62 ################################################### variant <- getVariant("chr1:g.35367G>A") variant[[1]]$dbnsfp$genename variant[[1]]$cadd$phred ################################################### ### code chunk number 6: myvariant.Rnw:72-74 ################################################### getVariants(c("chr1:g.35367G>A", "chr16:g.28883241A>G"), fields="cadd.consequence") ################################################### ### code chunk number 7: myvariant.Rnw:88-89 ################################################### queryVariant(q="dbnsfp.genename:MLL2", fields=c("cadd.phred", "cadd.consequence")) ################################################### ### code chunk number 8: myvariant.Rnw:96-97 ################################################### queryVariant(q="rs58991260", fields="dbsnp.flags")$hits ################################################### ### code chunk number 9: myvariant.Rnw:107-110 ################################################### rsids <- paste("rs", info(vcf)$RS, sep="") res <- queryVariants(q=rsids, scopes="dbsnp.rsid", fields="all") subset(res, !is.na(wellderly.vartype))$query