### R code from vignette source 'marrayClassesShort.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: marrayClassesShort.Rnw:53-55 ################################################### library(marray) data(swirl) ################################################### ### code chunk number 2: marrayClassesShort.Rnw:98-100 ################################################### slotNames("marrayLayout") slotNames(swirl) ################################################### ### code chunk number 3: marrayClassesShort.Rnw:111-118 ################################################### zebra.RG<-as.data.frame(cbind(c("swirl","WT","swirl","WT"), c("WT","swirl","WT","swirl"))) dimnames(zebra.RG)[[2]]<-c("Cy3","Cy5") zebra.samples<-new("marrayInfo", maLabels=paste("Swirl array ",1:4,sep=""), maInfo=zebra.RG, maNotes="Description of targets for Swirl experiment") zebra.samples ################################################### ### code chunk number 4: marrayClassesShort.Rnw:134-136 ################################################### L<-slot(swirl, "maLayout") L@maNgr ################################################### ### code chunk number 5: marrayClassesShort.Rnw:146-148 (eval = FALSE) ################################################### ## showMethods(classes="marrayLayout") ## showMethods("summary",classes="marrayLayout") ################################################### ### code chunk number 6: marrayClassesShort.Rnw:159-160 ################################################### showMethods("print") ################################################### ### code chunk number 7: marrayClassesShort.Rnw:166-167 ################################################### summary(swirl) ################################################### ### code chunk number 8: marrayClassesShort.Rnw:181-182 ################################################### swirl[1:100,2:3] ################################################### ### code chunk number 9: marrayClassesShort.Rnw:210-216 ################################################### swirl.layout<-maLayout(swirl) maNspots(swirl) maNspots(swirl.layout) maNgr(swirl) maNgc(swirl.layout) maPrintTip(swirl[1:10,3]) ################################################### ### code chunk number 10: marrayClassesShort.Rnw:228-231 ################################################### maNotes(swirl.layout) maNotes(swirl.layout)<- "New value" maNotes(swirl.layout) ################################################### ### code chunk number 11: marrayClassesShort.Rnw:236-239 ################################################### L<-new("marrayLayout") L maNgr(L)<-4 ################################################### ### code chunk number 12: marrayClassesShort.Rnw:253-254 ################################################### swirl.norm<-as(swirl, "marrayNorm") ################################################### ### code chunk number 13: marrayClassesShort.Rnw:269-270 ################################################### maPlate(swirl)<-maCompPlate(swirl,n=384)