### R code from vignette source 'exomePeak-Overview.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 2: input bams files ################################################### library("exomePeak") gtf=system.file("extdata", "example.gtf", package="exomePeak") f1=system.file("extdata", "IP1.bam", package="exomePeak") f2=system.file("extdata", "IP2.bam", package="exomePeak") f3=system.file("extdata", "IP3.bam", package="exomePeak") f4=system.file("extdata", "IP4.bam", package="exomePeak") f5=system.file("extdata", "Input1.bam", package="exomePeak") f6=system.file("extdata", "Input2.bam", package="exomePeak") f7=system.file("extdata", "Input3.bam", package="exomePeak") ################################################### ### code chunk number 3: Peak Calling ################################################### result = exomepeak(GENE_ANNO_GTF=gtf, IP_BAM=c(f1,f2,f3,f4), INPUT_BAM=c(f5,f6,f7)) names(result) ################################################### ### code chunk number 4: extract peaks ################################################### recommended_peaks = result$con_peaks # consistent peaks (Recommended!) peaks_info = mcols(recommended_peaks) # information of the consistent peaks head(peaks_info) ################################################### ### code chunk number 5: extract peaks 2 ################################################### all_peaks = result$all_peaks # get all peaks peaks_info = mcols(all_peaks) # information of all peaks head(peaks_info) ################################################### ### code chunk number 6: input bams files 2 ################################################### library("exomePeak") gtf=system.file("extdata", "example.gtf", package="exomePeak") f1=system.file("extdata", "IP1.bam", package="exomePeak") f2=system.file("extdata", "IP2.bam", package="exomePeak") f3=system.file("extdata", "IP3.bam", package="exomePeak") f4=system.file("extdata", "IP4.bam", package="exomePeak") f5=system.file("extdata", "Input1.bam", package="exomePeak") f6=system.file("extdata", "Input2.bam", package="exomePeak") f7=system.file("extdata", "Input3.bam", package="exomePeak") f8=system.file("extdata", "treated_IP1.bam", package="exomePeak") f9=system.file("extdata", "treated_Input1.bam", package="exomePeak") ################################################### ### code chunk number 7: Peak Calling and Differential Analysis ################################################### result = exomepeak(GENE_ANNO_GTF=gtf, IP_BAM=c(f1,f2,f3,f4), INPUT_BAM=c(f5,f6,f7), TREATED_IP_BAM=c(f8), TREATED_INPUT_BAM=c(f9)) ################################################### ### code chunk number 8: ScanBamParam ################################################### names(result) is.na(result$con_sig_diff_peaks) # no reported consistent differnetial peaks ################################################### ### code chunk number 9: ScanBamParam 2 ################################################### diff_peaks = result$diff_peaks # consistent differential peaks (Recommended!) peaks_info = mcols(diff_peaks) # information of the consistent peaks head(peaks_info[,1:3]) # peak calling information head(peaks_info[,4:6]) # differential analysis information ################################################### ### code chunk number 10: Peak Calling and Differential Analysis (eval = FALSE) ################################################### ## result = exomepeak(GENOME="hg19", ## IP_BAM=c(f1,f2,f3,f4), ## INPUT_BAM=c(f5,f6,f7), ## TREATED_IP_BAM=c(f8), ## TREATED_INPUT_BAM=c(f9)) ################################################### ### code chunk number 11: session ################################################### sessionInfo()