### R code from vignette source 'ampliQueso.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: camelPlot3 ################################################### library(ampliQueso) data(ampliQueso) par(mfrow=c(1,2)) simplePlot(ndMin,exps=1:2,xlab="genome coordinates \n RGS1:NM_002922", ylab="coverage") simplePlot(ndMax,exps=1:2,xlab="genome coordinates \n PLEK:NM_002664", ylab="coverage") ################################################### ### code chunk number 2: samplecamelTest ################################################### library(xtable) curWd<-getwd() setwd(path.package("ampliQueso")) ##only for sample report iCovdesc=system.file("extdata","covdesc",package="ampliQueso") iBedFile=system.file("extdata","AQ.bed",package="ampliQueso") iT1="s" iT2="h" camelTestTable <- camelTest(iBedFile=iBedFile,iCovdesc=iCovdesc, iT1=iT1, iT2=iT2,iParallel=FALSE,iNPerm=5) #print sample p-values,not all of them camelTestTableDen<-camelTestTable[1:5,6:10] print(xtable(camelTestTableDen,caption="p-values from camel tests")) setwd(curWd) ################################################### ### code chunk number 3: sampleCamtable ################################################### library(xtable) data(ampliQueso) print(xtable(camelSampleTable, caption="Camel/coverage measures for two sample regions")) ################################################### ### code chunk number 4: camel2 ################################################### library(ampliQueso) setwd(path.package("ampliQueso")) cc <- getCountTable(covdesc=system.file("extdata","covdesc",package="ampliQueso"), bedFile=system.file("extdata","AQ.bed",package="ampliQueso")) cc[1:4,1:2] ################################################### ### code chunk number 5: sampleSNPCaller (eval = FALSE) ################################################### ## #in order to run this example you need provide reference sequence ## #in FASTA format and set refSeqFile parameter ## curWd<-getwd() ## setwd(path.package("ampliQueso")) ##only for sample report ## iCovdesc=system.file("extdata","covdesc",package="ampliQueso") ## iBedFile=system.file("extdata","AQ.bed",package="ampliQueso") ## snpList <- getSNP(covdesc=iCovdesc, minQual=10, ## refSeqFile="hg19.fa", bedFile = iBedFile) ## setwd(curWd) ################################################### ### code chunk number 6: runQAReport (eval = FALSE) ################################################### ## #########Example########################## ## library(ampliQueso) ## curWd<-getwd() ## setwd(path.package("ampliQueso")) ##only for sample report ## iCovdesc=system.file("extdata","covdesc",package="ampliQueso") ## iBedFile=system.file("extdata","AQ.bed",package="ampliQueso") ## iRefSeqFile=NULL ## iGroup="group" ## iT1="s" ## iT2="h" ## iTopN=5 ## iMinQual=NULL ## iReportFormat="pdf" ## iReportType="article" ## iReportPath=curWd ## iVerbose=FALSE ## iParallel=FALSE ## ## runAQReport(iCovdesc=iCovdesc,iBedFile=iBedFile,iRefSeqFile=iRefSeqFile, ## iGroup=iGroup,iT1=iT1,iT2=iT2,iTopN=iTopN,iMinQual=iMinQual, ## iReportFormat=iReportFormat,iReportType=iReportType, ## iReportPath,iVerbose=iVerbose,iParallel=iParallel) ## setwd(curWd)