### R code from vignette source 'RefNet.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: init ################################################### library(RefNet) refnet <- RefNet() providers(refnet) ################################################### ### code chunk number 3: e2f3 ################################################### if("Biogrid" %in% unlist(providers(refnet), use.names=FALSE)){ tbl.1 <- interactions(refnet, species="9606", id="E2F3", provider=c("gerstein-2012", "BioGrid")) dim(tbl.1) } ################################################### ### code chunk number 4: mapper ################################################### if("IntAct" %in% unlist(providers(refnet), use.names=FALSE)){ tbl.2 <- interactions(refnet, id="E2F3", provider="IntAct", species="9606") dim(tbl.2) idMapper <- IDMapper("9606") tbl.3 <- addStandardNames(idMapper, tbl.2) dim(tbl.3) tbl.3[, c("A.name", "B.name", "A.id", "B.id", "type", "provider")] } ################################################### ### code chunk number 5: mixedColumns ################################################### if("Biogrid" %in% unlist(providers(refnet), use.names=FALSE)){ tbl.4 <- interactions(refnet, id="ACO2", provider=c("gerstein-2012", "BioGrid")) tbl.5 <- addStandardNames(idMapper, tbl.4) sort(colnames(tbl.5)) } ################################################### ### code chunk number 6: explore.e2f3 ################################################### if(exists("tbl.5")){ dim(tbl.5) table(tbl.5$provider) } ################################################### ### code chunk number 7: xtab ################################################### if(exists("tbl.5")){ options(width=180) tbl.info <- with(tbl.5, as.data.frame(table(detectionMethod, type, provider))) tbl.info <- tbl.info[tbl.info$Freq>0,] tbl.info options(width=80) } ################################################### ### code chunk number 8: dups ################################################### if("Biogrid" %in% unlist(providers(refnet), use.names=FALSE)){ tbl.6 <- interactions(refnet, species="9606", id="E2F3", provider=c("gerstein-2012", "BioGrid")) tbl.7 <- addStandardNames(idMapper, tbl.6) tbl.withDups <- detectDuplicateInteractions(tbl.7) } ################################################### ### code chunk number 9: dupGroups ################################################### if(exists("tbl.withDups")){ options(width=180) table(tbl.withDups$dupGroup) subset(tbl.withDups, dupGroup==1)[, c("A.name", "B.name", "type", "detectionMethod", "publicationID")] options(width=80) } ################################################### ### code chunk number 10: pubmed ################################################### noquote(pubmedAbstract("22580460", split=TRUE)) ################################################### ### code chunk number 11: alias ################################################### library(org.Hs.eg.db) if(exists("tbl.withDups")){ geneID <- unique(subset(tbl.withDups, A.common=="FZR1")$A.canonical) suppressWarnings(select(org.Hs.eg.db, keys=geneID, columns="ALIAS", keytype="ENTREZID")) } ################################################### ### code chunk number 12: eliminateDups ################################################### providers <- intersect(unlist(providers(refnet), use.names=FALSE), c("BIND", "BioGrid", "IntAct", "MINT", "gerstein-2012")) tbl.8 <- interactions(refnet, species="9606", id="E2F3", provider=providers) tbl.9 <- addStandardNames(idMapper, tbl.8) dim(tbl.9) ################################################### ### code chunk number 13: eliminateNonCanonicals ################################################### removers <- with(tbl.9, unique(c(grep("^-$", A.id), grep("^-$", B.id)))) if(length(removers) > 0) tbl.10 <- tbl.9[-removers,] dim(tbl.10) ################################################### ### code chunk number 14: pickBestFromDups ################################################### options(width=120) table(tbl.10$type) ################################################### ### code chunk number 15: detectDups ################################################### tbl.11 <- detectDuplicateInteractions(tbl.10) dupGroups <- sort(unique(tbl.11$dupGroup)) preferred.types <- c("direct interaction", "physical association", "transcription factor binding") bestOfDups <- unlist(lapply(dupGroups, function(dupGroup) pickBestFromDupGroup(dupGroup, tbl.11, preferred.types))) deleters <- which(is.na(bestOfDups)) if(length(deleters) > 0) bestOfDups <- bestOfDups[-deleters] length(bestOfDups) tbl.12 <- tbl.11[bestOfDups,] tbl.12[, c("A.name", "B.name", "type", "provider", "publicationID")] ################################################### ### code chunk number 16: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())