### R code from vignette source 'PSICQUIC.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: listProviders ################################################### library(PSICQUIC) psicquic <- PSICQUIC() providers(psicquic) ################################################### ### code chunk number 2: queryMycTp53 ################################################### library(PSICQUIC) psicquic <- PSICQUIC() providers(psicquic) tbl <- interactions(psicquic, id=c("TP53", "MYC"), species="9606") dim(tbl) ################################################### ### code chunk number 3: sourceCount ################################################### table(tbl$provider) ################################################### ### code chunk number 4: summaryCounts ################################################### tbl[, c("provider", "type", "detectionMethod")] ################################################### ### code chunk number 5: taptag ################################################### tbl[grep("affinity", tbl$detectionMethod), c("type", "publicationID", "firstAuthor", "confidenceScore", "provider")] ################################################### ### code chunk number 6: broadTaptag ################################################### tbl.myc <- interactions(psicquic, "MYC", species="9606", publicationID="21150319") ################################################### ### code chunk number 7: mycInteractorsExamined ################################################### dim(tbl.myc) table(tbl.myc$provider) table(tbl.myc$confidenceScore) ################################################### ### code chunk number 8: addGeneNames ################################################### idMapper <- IDMapper("9606") tbl.myc <- addGeneInfo(idMapper,tbl.myc) print(head(tbl.myc$A.name)) print(head(tbl.myc$B.name)) ################################################### ### code chunk number 9: threeGenes ################################################### tbl.3 <- interactions(psicquic, id=c("ALK", "JAK3", "SHC3"), species="9606", quiet=TRUE) tbl.3g <- addGeneInfo(idMapper, tbl.3) tbl.3gd <- with(tbl.3g, as.data.frame(table(detectionMethod, type, A.name, B.name, provider))) print(tbl.3gd <- subset(tbl.3gd, Freq > 0))