### R code from vignette source 'tr_2006_01.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: tr_2006_01.Rnw:49-51 (eval = FALSE) ################################################### ## q(save="no") ## ################################################### ### code chunk number 2: tr_2006_01.Rnw:52-57 ################################################### library(Biobase) library(twilight) oldopt <- options(digits=3) on.exit( {options(oldopt)} ) options(width=75) ################################################### ### code chunk number 3: tr_2006_01.Rnw:227-239 ################################################### library(OrderedList) data(OL.data) OL.data$breast OL.data$prostate OL.data$map[1:5,] A <- prepareData( eset1=list(data=OL.data$prostate,name="prostate",var="outcome",out=c("Rec","NRec"),paired=FALSE), eset2=list(data=OL.data$breast,name="breast",var="Risk",out=c("high","low"),paired=FALSE), mapping=OL.data$map ) A ################################################### ### code chunk number 4: tr_2006_01.Rnw:273-276 ################################################### x <- OrderedList(A, empirical=TRUE) x x$intersect[1:5] ################################################### ### code chunk number 5: tr_2006_01.Rnw:284-295 ################################################### bitmap(file="tr_2006_01-pauc.png",width=4,height=3,res=300) plot(x,"pauc") dev.off() Sys.sleep(20) bitmap(file="tr_2006_01-scores.png",width=4,height=3, res=300) plot(x,"scores") dev.off() Sys.sleep(20) bitmap(file="tr_2006_01-overlap.png",width=4,height=3, res=300) plot(x,"overlap") dev.off() ################################################### ### code chunk number 6: tr_2006_01.Rnw:384-388 ################################################### list1 <- as.character(OL.data$map$prostate) list2 <- c(sample(list1[1:500]),sample(list1[501:1000])) y <- compareLists(list1,list2) y ################################################### ### code chunk number 7: tr_2006_01.Rnw:407-410 ################################################### z <- getOverlap(y) z z$intersect[1:5] ################################################### ### code chunk number 8: tr_2006_01.Rnw:414-422 ################################################### bitmap(file="tr_2006_01-z.png",width=4,height=3,res=300) plot(z) dev.off() Sys.sleep(20) bitmap(file="tr_2006_01-density.png",width=4,height=3,res=300) plot(z,"scores") dev.off() Sys.sleep(20)