### R code from vignette source 'OperaMate-vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### if (requireNamespace("BiocStyle", quietly = TRUE)) { BiocStyle::latex() } ################################################### ### code chunk number 2: demo_config ################################################### file <- file.path(system.file("Test", package = "OperaMate"), "demoData", "demoParam.txt") ## file.show(file) ################################################### ### code chunk number 3: demo_genemap ################################################### file <- file.path(system.file("Test", package = "OperaMate"), "demoData", "genemap.csv") genemap <- read.csv(file) head(genemap, n = 5) ################################################### ### code chunk number 4: run_pipeline ################################################### library(OperaMate) configFile <- file.path(system.file("Test", package = "OperaMate"), "demoData", "demoParam.txt") operaReport <- operaMate(configFile, gDevice = "png") names(operaReport) ################################################### ### code chunk number 5: out_dir (eval = FALSE) ################################################### ## tempdir() ################################################### ### code chunk number 6: create_one_plate ################################################### onePlate <- expData(name = "DSIMGA02-s1", path = file.path( system.file("Test",package = "OperaMate"), "Matrix", "130504-s1-02.txt" ), rep.id = "s1", exp.id = "DSIMGA02", format = "Matrix") ################################################### ### code chunk number 7: create_one_cell ################################################### oneCell <- cellData(name = "Average Intensity of Nuclei", positive.ctr = c("H02", "J02", "L02"), negative.ctr = c("C23", "E23", "G23")) oneCell ################################################### ### code chunk number 8: import_data ################################################### datapath <- file.path(system.file("Test", package = "OperaMate"), "Matrix") lstPlates <- loadAll(cellformat = "Matrix", datapath = datapath, egFilename <- list(eg.filename = "Tab.130504-s1-01.txt", rep.id = "s1", exp.id = "01", sep = "-", barcode = "DSIMGA01") ) oneCell <- cellData(name = "Average Intensity of Nuclei") oneCell <- cellLoad(oneCell, lstPlates, neglect.well = c("*02", "*23"), positive.ctr = c("H02", "J02", "L02"), negative.ctr = c("C23", "E23", "G23")) str(oneCell["origin.data"]) ################################################### ### code chunk number 9: norm_cell ################################################### oneCell <- cellNorm(oneCell, norm.method = "MP") str(oneCell["norm.data"]) ################################################### ### code chunk number 10: batch_methods ################################################### cellViz(oneCell, data.type = c("raw", "norm"), plateID = 1:6, outpath = tempdir()) ################################################### ### code chunk number 11: visualize_onePlate ################################################### cellViz(oneCell, data.type = c("raw", "norm"), plateID = 1, outpath = tempdir()) ################################################### ### code chunk number 12: load_cellnum ################################################### cell.cellNum <- cellData(name = "Cells.Analyzed") cell.cellNum <- cellLoad(cell.cellNum, lstPlates, neglect.well = c("*02", "*23"), positive.ctr = c("H02", "J02", "L02"), negative.ctr = c("C23", "E23", "G23")) oneCell <- cellNumLoad(oneCell, cell.cellNum) ################################################### ### code chunk number 13: qc_cell ################################################### oneCell <- cellQC(oneCell, qcType = c("plateCorrelation", "wellSd", "cellNumber"), qc.threshold = c(correlation = 0.7), outpath = tempdir()) str(oneCell["qc.data"]) head(oneCell["plate.quality"]) ################################################### ### code chunk number 14: sig_detection ################################################### oneCell <- cellSig(oneCell, method = "stable", th = c(0.05, 0.05), outpath = tempdir()) names(oneCell["Sig"]) ################################################### ### code chunk number 15: sig_vcplot ################################################### labels <- c("Axin1") names(labels) <- c("DSIMGA04:C07") cellSigPlot(oneCell, highlight.label = labels, outpath = tempdir()) ################################################### ### code chunk number 16: sig_analysis ################################################### genemap <- read.csv(file.path(system.file("Test", package = "OperaMate"), "demoData", "genemap.csv"), stringsAsFactors = FALSE) chart <- cellSigAnalysis(oneCell, genemap, organism = "mmusculus") head(chart, n = 5) cellSigAnalysisPlot(chart, prefix = oneCell@name, outpath = tempdir()) ################################################### ### code chunk number 17: report ################################################### report <- generateReport(list(oneCell), genemap, verbose = FALSE, plot = FALSE) head(report, n = 5) ################################################### ### code chunk number 18: session_info ################################################### sessionInfo()