### R code from vignette source 'M3Drop_Vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: M3Drop_Vignette.Rnw:20-22 ################################################### library(M3Drop) library(M3DExampleData) ################################################### ### code chunk number 2: M3Drop_Vignette.Rnw:28-33 ################################################### Normalized_data <- M3DropCleanData(Mmus_example_list$data, labels = Mmus_example_list$labels, is.counts=TRUE, min_detected_genes=2000) dim(Normalized_data$data) length(Normalized_data$labels) ################################################### ### code chunk number 3: M3Drop_Vignette.Rnw:40-41 ################################################### fits <- M3DropDropoutModels(Normalized_data$data) ################################################### ### code chunk number 4: M3Drop_Vignette.Rnw:48-54 ################################################### # Sum absolute residuals data.frame(MM=fits$MMFit$SAr, Logistic=fits$LogiFit$SAr, DoubleExpo=fits$ExpoFit$SAr) # Sum squared residuals data.frame(MM=fits$MMFit$SSr, Logistic=fits$LogiFit$SSr, DoubleExpo=fits$ExpoFit$SSr) ################################################### ### code chunk number 5: M3Drop_Vignette.Rnw:63-65 ################################################### DE_genes <- M3DropDifferentialExpression(Normalized_data$data, mt_method="fdr", mt_threshold=0.01) ################################################### ### code chunk number 6: M3Drop_Vignette.Rnw:78-80 ################################################### heat_out <- M3DropExpressionHeatmap(DE_genes$Gene, Normalized_data$data, cell_labels = Normalized_data$labels) ################################################### ### code chunk number 7: M3Drop_Vignette.Rnw:88-91 ################################################### cell_populations <- M3DropGetHeatmapCellClusters(heat_out, k=4) library("ROCR") marker_genes <- M3DropGetMarkers(Normalized_data$data, cell_populations) ################################################### ### code chunk number 8: M3Drop_Vignette.Rnw:98-100 ################################################### head(marker_genes[marker_genes$Group==4,],20) marker_genes[rownames(marker_genes)=="Cdx2",] ################################################### ### code chunk number 9: M3Drop_Vignette.Rnw:110-111 ################################################### HVG <- BrenneckeGetVariableGenes(Normalized_data$data) ################################################### ### code chunk number 10: M3Drop_Vignette.Rnw:122-124 ################################################### heat_out <- M3DropExpressionHeatmap(HVG, Normalized_data$data, cell_labels = Normalized_data$labels)