### R code from vignette source 'DiffBind.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() savewd <- getwd() ################################################### ### code chunk number 2: DiffBind.Rnw:134-138 ################################################### tmp <- tempfile(as.character(Sys.getpid())) pdf(tmp) savewarn <- options("warn") options(warn=-1) ################################################### ### code chunk number 3: DiffBind.Rnw:142-144 ################################################### library(DiffBind) setwd(system.file("extra", package="DiffBind")) ################################################### ### code chunk number 4: DiffBind.Rnw:149-155 (eval = FALSE) ################################################### ## print(savewd) ## tamoxifen <- dba(sampleSheet="tamoxifen.csv") ## tamoxifen <- dba.count(tamoxifen) ## tamoxifen <- dba.contrast(tamoxifen) ## tamoxifen <- dba.analyze(tamoxifen) ## tamoxifen.DB <- dba.report(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 5: sampSheet ################################################### samples <- read.csv(file.path(system.file("extra", package="DiffBind"), "tamoxifen.csv")) names(samples) samples ################################################### ### code chunk number 6: dbaConstruct ################################################### tamoxifen <- dba(sampleSheet="tamoxifen.csv") ################################################### ### code chunk number 7: DiffBind.Rnw:180-181 ################################################### tamoxifen ################################################### ### code chunk number 8: tamox_occ_corhm ################################################### plot(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 9: DiffBind.Rnw:213-214 (eval = FALSE) ################################################### ## tamoxifen <- dba.count(tamoxifen, summits=250) ################################################### ### code chunk number 10: DiffBind.Rnw:216-217 ################################################### data(tamoxifen_counts) ################################################### ### code chunk number 11: DiffBind.Rnw:222-223 ################################################### tamoxifen ################################################### ### code chunk number 12: tamox_aff_corhm ################################################### plot(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 13: DiffBind.Rnw:243-244 ################################################### tamoxifen <- dba.contrast(tamoxifen, categories=DBA_CONDITION) ################################################### ### code chunk number 14: DiffBind.Rnw:254-256 ################################################### tamoxifen <- dba.analyze(tamoxifen) tamoxifen ################################################### ### code chunk number 15: tamox_sdb_corhm ################################################### plot(tamoxifen, contrast=1) ################################################### ### code chunk number 16: DiffBind.Rnw:288-289 ################################################### tamoxifen.DB <- dba.report(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 17: DiffBind.Rnw:294-295 ################################################### tamoxifen.DB ################################################### ### code chunk number 18: tamox_aff_pca ################################################### data(tamoxifen_analysis) dba.plotPCA(tamoxifen,DBA_TISSUE,label=DBA_CONDITION) ################################################### ### code chunk number 19: tamox_sdb_pca ################################################### dba.plotPCA(tamoxifen, contrast=1,label=DBA_TISSUE) ################################################### ### code chunk number 20: tamox_sdb_ma ################################################### dba.plotMA(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 21: tamox_sdb_volcano ################################################### dba.plotVolcano(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 22: DiffBind.Rnw:399-401 ################################################### sum(tamoxifen.DB$Fold<0) sum(tamoxifen.DB$Fold>0) ################################################### ### code chunk number 23: tamox_sdb_box ################################################### pvals <- dba.plotBox(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 24: DiffBind.Rnw:427-428 ################################################### pvals ################################################### ### code chunk number 25: DiffBind.Rnw:440-441 ################################################### corvals <- dba.plotHeatmap(tamoxifen) ################################################### ### code chunk number 26: tamox_sdb_hm ################################################### corvals <- dba.plotHeatmap(tamoxifen, contrast=1, correlations=FALSE) ################################################### ### code chunk number 27: DiffBind.Rnw:492-495 ################################################### data(tamoxifen_counts) tamoxifen <- dba.contrast(tamoxifen,categories=DBA_CONDITION, block=tamoxifen$masks$MCF7) ################################################### ### code chunk number 28: DiffBind.Rnw:500-502 ################################################### tamoxifen <- dba.analyze(tamoxifen) tamoxifen ################################################### ### code chunk number 29: tamox_block_ma ################################################### dba.plotMA(tamoxifen,method=DBA_DESEQ2_BLOCK) ################################################### ### code chunk number 30: DiffBind.Rnw:543-545 ################################################### tamoxifen <- dba.analyze(tamoxifen,method=DBA_ALL_METHODS) dba.show(tamoxifen,bContrasts=T)[9:12] ################################################### ### code chunk number 31: tamox_block_venn ################################################### tam.block <- dba.report(tamoxifen,method=DBA_ALL_METHODS_BLOCK,bDB=TRUE,bAll=TRUE) tam.block dba.plotVenn(tam.block,1:4,label1="edgeR",label2="DESeq2", label3="edgeR Blocked", label4="DESeq2 Blocked") ################################################### ### code chunk number 32: DiffBind.Rnw:573-574 ################################################### data(tamoxifen_peaks) ################################################### ### code chunk number 33: DiffBind.Rnw:595-597 ################################################### olap.rate <- dba.overlap(tamoxifen,mode=DBA_OLAP_RATE) olap.rate ################################################### ### code chunk number 34: tamox_rate ################################################### plot(olap.rate,type='b',ylab='# peaks', xlab='Overlap at least this many peaksets') ################################################### ### code chunk number 35: DiffBind.Rnw:617-618 ################################################### names(tamoxifen$masks) ################################################### ### code chunk number 36: DiffBind.Rnw:623-625 ################################################### dba.overlap(tamoxifen,tamoxifen$masks$MCF7 & tamoxifen$masks$Responsive, mode=DBA_OLAP_RATE) ################################################### ### code chunk number 37: tamox_mcf7_venn ################################################### dba.plotVenn(tamoxifen, tamoxifen$masks$MCF7 & tamoxifen$masks$Responsive) ################################################### ### code chunk number 38: DiffBind.Rnw:647-649 ################################################### tamoxifen_consensus <- dba.peakset(tamoxifen, consensus=c(DBA_TISSUE,DBA_CONDITION), minOverlap=0.66) ################################################### ### code chunk number 39: DiffBind.Rnw:657-660 ################################################### tamoxifen_consensus <- dba(tamoxifen_consensus, mask=tamoxifen_consensus$masks$Consensus, minOverlap=1) tamoxifen_consensus ################################################### ### code chunk number 40: DiffBind.Rnw:665-666 ################################################### consensus_peaks <- dba.peakset(tamoxifen_consensus, bRetrieve=TRUE) ################################################### ### code chunk number 41: tamox_lines_venn ################################################### data(tamoxifen_peaks) tamoxifen <- dba.peakset(tamoxifen, consensus=DBA_TISSUE, minOverlap=0.66) dba.plotVenn(tamoxifen, tamoxifen$masks$Consensus) ################################################### ### code chunk number 42: DiffBind.Rnw:690-691 ################################################### data(tamoxifen_peaks) ################################################### ### code chunk number 43: DiffBind.Rnw:696-698 ################################################### dba.overlap(tamoxifen,tamoxifen$masks$Resistant,mode=DBA_OLAP_RATE) dba.overlap(tamoxifen,tamoxifen$masks$Responsive,mode=DBA_OLAP_RATE) ################################################### ### code chunk number 44: tamox_cons_venn ################################################### tamoxifen <- dba.peakset(tamoxifen, consensus=DBA_CONDITION, minOverlap=0.33) dba.plotVenn(tamoxifen,tamoxifen$masks$Consensus) ################################################### ### code chunk number 45: DiffBind.Rnw:727-728 ################################################### tamoxifen.OL <- dba.overlap(tamoxifen, tamoxifen$masks$Consensus) ################################################### ### code chunk number 46: DiffBind.Rnw:733-735 ################################################### tamoxifen.OL$onlyA tamoxifen.OL$onlyB ################################################### ### code chunk number 47: tamox_compare_venn ################################################### tamoxifen <- dba.peakset(tamoxifen,tamoxifen$masks$Consensus, minOverlap=1,sampID="OL Consensus") tamoxifen <- dba.peakset(tamoxifen,!tamoxifen$masks$Consensus, minOverlap=3,sampID="Consensus_3") dba.plotVenn(tamoxifen,14:15) ################################################### ### code chunk number 48: DiffBind.Rnw:762-763 ################################################### data(tamoxifen_analysis) ################################################### ### code chunk number 49: DiffBind.Rnw:768-769 ################################################### tamoxifen.rep <- dba.report(tamoxifen,bCalled=TRUE,th=1) ################################################### ### code chunk number 50: DiffBind.Rnw:774-780 ################################################### onlyResistant <- tamoxifen.rep$Called1>=2 & tamoxifen.rep$Called2<3 sum(onlyResistant ) onlyResponsive <- tamoxifen.rep$Called2>=3 & tamoxifen.rep$Called1<2 sum(onlyResponsive) bothGroups <- tamoxifen.rep$Called1>= 2 & tamoxifen.rep$Called2>=3 sum(bothGroups) ################################################### ### code chunk number 51: DiffBind.Rnw:792-799 ################################################### tamoxifen.DB <- dba.report(tamoxifen,bCalled=T) onlyResistant.DB <- tamoxifen.DB$Called1>=2 & tamoxifen.DB$Called2<3 sum(onlyResistant.DB) onlyResponsive.DB <- tamoxifen.DB$Called2>=3 & tamoxifen.DB$Called1<2 sum(onlyResponsive.DB) bothGroups.DB <- tamoxifen.DB$Called1>=2 & tamoxifen.DB$Called2>=3 sum(bothGroups.DB) ################################################### ### code chunk number 52: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo()) ################################################### ### code chunk number 53: DiffBind.Rnw:1058-1059 ################################################### setwd(savewd)