### R code from vignette source 'DeMAND.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: DeMAND.Rnw:24-26 (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("DeMAND") ################################################### ### code chunk number 2: DeMAND.Rnw:33-34 ################################################### library(DeMAND) ################################################### ### code chunk number 3: DeMAND.Rnw:49-51 ################################################### data(inputExample) #ls() ################################################### ### code chunk number 4: DeMAND.Rnw:56-58 ################################################### dobj <- demandClass(exp=bcellExp, anno=bcellAnno, network=bcellNetwork) printDeMAND(dobj) ################################################### ### code chunk number 5: DeMAND.Rnw:65-67 ################################################### dobj <- runDeMAND(dobj, fgIndex=caseIndex, bgIndex=controlIndex) printDeMAND(dobj) ################################################### ### code chunk number 6: DeMAND.Rnw:99-100 ################################################### sessionInfo()