### R code from vignette source 'bioqc.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setSeed ################################################### set.seed(1887) ################################################### ### code chunk number 2: libLoad ################################################### library(Biobase) library(BioQC) gmtFile <- system.file("extdata/exp.tissuemark.affy.roche.symbols.gmt", package="BioQC") gmt <- readGmt(gmtFile) ################################################### ### code chunk number 3: gmtReadin ################################################### Nrow <- 2000L Nsample <- 5L gss <- unique(unlist(sapply(gmt, function(x) x$genes))) myEset <- new("ExpressionSet", exprs=matrix(rnorm(Nrow*Nsample), nrow=Nrow), featureData=new("AnnotatedDataFrame", data.frame(GeneSymbol=sample(gss, Nrow)))) ################################################### ### code chunk number 4: runBioQC ################################################### dummyRes <- wmwTest(myEset, gmt, alternative="greater") summary(p.adjust(dummyRes, "BH")) ################################################### ### code chunk number 5: basicDS ################################################### myMatrix <- matrix(rnorm(Nrow*Nsample), ncol=Nsample, dimnames=list(NULL, LETTERS[1:Nsample])) myList <- list(signature1=sample(1:Nrow, 100), signature2=sample(1:Nrow, 50), signature3=sample(1:Nrow, 200)) wmwTest(myMatrix, myList) ################################################### ### code chunk number 6: benchmark ################################################### bm.Nrow <- 22000 bw.Nsample <- 5 bm.Ngs <- 5 bm.Ngssize <- sapply(1:bm.Ngs, function(x) sample(1:bm.Nrow/2, replace=TRUE)) ind <- lapply(1:bm.Ngs, function(i) sample(1:bm.Nrow, bm.Ngssize[i])) exprs <- matrix(round(rnorm(bm.Nrow*bw.Nsample),4), nrow=bm.Nrow) system.time(Cres <- wmwTest(exprs, ind, alternative="less")) wmwTestR <- function(matrix, index, alternative, stat) { sub <- rep(FALSE, length(matrix)) sub[index]=TRUE return(wilcox.test(matrix[sub], matrix[!sub], alternative=alternative)$p.value) } system.time(Rres <- apply(exprs, 2, function(x) sapply(ind, function(y) wmwTestR(x, y, alternative="less", stat=FALSE)))) ################################################### ### code chunk number 7: sessionInfo ################################################### sessionInfo()