### R code from vignette source 'hm27kOn450k.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: load library and identify 27k probes ################################################### library('IlluminaHumanMethylation450k.db') probes.27k <- IlluminaHumanMethylation450k_get27k() lapply(probes.27k, function(x) { if( class(x) == 'list') lapply(x, head) else head(x) }) ################################################### ### code chunk number 2: list the 27k probe IDs ################################################### probes.27k <- unlist(probes.27k, recursive=T) head(mget(probes.27k, IlluminaHumanMethylation450kPROBELOCATION, ifnotfound=NA)) ################################################### ### code chunk number 3: annotate the 27k probes ################################################### probeloc <- mget(probes.27k, IlluminaHumanMethylation450kPROBELOCATION, ifnotfound=NA) body.or.exon <- function(x) length( grep('(Body|Exon)', x) ) > 0 length(which(unlist(lapply(probeloc, body.or.exon)))) in.body <- function(x) length( grep('Body', x) ) > 0 gene.body.probes <- names(which(unlist(lapply(probeloc, in.body)))) length(which(unlist(lapply(probeloc, in.body)))) head(gene.body.probes) ################################################### ### code chunk number 4: identify database and package versions ################################################### IlluminaHumanMethylation450k_dbInfo()[c(8:10,22:24,31,33),] IlluminaHumanMethylation450kSVNID IlluminaHumanMethylation450kBLAME ################################################### ### code chunk number 5: hm27kOn450k.Rnw:89-90 ################################################### toLatex(sessionInfo())