### R code from vignette source 'xcmsPreprocess.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: LibraryPreload ################################################### library(multtest) library(xcms) library(faahKO) ################################################### ### code chunk number 2: RawFiles ################################################### cdfpath <- system.file("cdf", package = "faahKO") list.files(cdfpath, recursive = TRUE) ################################################### ### code chunk number 3: PeakIdentification ################################################### library(xcms) cdffiles <- list.files(cdfpath, recursive = TRUE, full.names = TRUE) xset <- xcmsSet(cdffiles) #xset <- faahko xset ################################################### ### code chunk number 4: PeakMatching1 ################################################### xset <- group(xset) ################################################### ### code chunk number 5: RTCorrection ################################################### xset2 <- retcor(xset, family = "symmetric", plottype = "mdevden") ################################################### ### code chunk number 6: PeakMatching2 ################################################### xset2 <- group(xset2, bw = 10) ################################################### ### code chunk number 7: PeakFillIn ################################################### xset3 <- fillPeaks(xset2) xset3 ################################################### ### code chunk number 8: AnalysisVisualize ################################################### reporttab <- diffreport(xset3, "WT", "KO", "example", 10, metlin = 0.15, h=480, w=640) reporttab[1:4,] ################################################### ### code chunk number 9: URL1 ################################################### cat("\\url{", as.character(reporttab[1,"metlin"]), "}", sep = "") ################################################### ### code chunk number 10: URL2 ################################################### cat("\\url{", as.character(reporttab[3,"metlin"]), "}", sep = "") ################################################### ### code chunk number 11: PeakSelect ################################################### gt <- groups(xset3) colnames(gt) groupidx1 <- which(gt[,"rtmed"] > 2600 & gt[,"rtmed"] < 2700 & gt[,"npeaks"] == 12)[1] groupidx2 <- which(gt[,"rtmed"] > 3600 & gt[,"rtmed"] < 3700 & gt[,"npeaks"] == 12)[1] eiccor <- getEIC(xset3, groupidx = c(groupidx1, groupidx2)) eicraw <- getEIC(xset3, groupidx = c(groupidx1, groupidx2), rt = "raw") ################################################### ### code chunk number 12: EICRaw1 ################################################### plot(eicraw, xset3, groupidx = 1) ################################################### ### code chunk number 13: EICRaw2 ################################################### plot(eicraw, xset3, groupidx = 2) ################################################### ### code chunk number 14: EICCor1 ################################################### plot(eiccor, xset3, groupidx = 1) ################################################### ### code chunk number 15: EICCor2 ################################################### plot(eiccor, xset3, groupidx = 2) ################################################### ### code chunk number 16: warnings ################################################### cat("These are the warning") warnings()