### R code from vignette source 'traseR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: traseR.Rnw:112-114 (eval = FALSE) ################################################### ## x=traseR(snpdb=taSNP,region=Tcell) ## print(x) ################################################### ### code chunk number 3: traseR.Rnw:117-119 (eval = FALSE) ################################################### ## x=traseR(snpdb=taSNPLD,region=Tcell) ## print(x) ################################################### ### code chunk number 4: traseR.Rnw:122-123 (eval = FALSE) ################################################### ## x=traseR(snpdb=taSNP,region=Tcell,snpdb.bg=CEU) ################################################### ### code chunk number 5: traseR.Rnw:150-155 ################################################### library(traseR) data(taSNP) data(Tcell) x=traseR(taSNP,Tcell) print(x) ################################################### ### code chunk number 6: traseR.Rnw:161-162 ################################################### plotContext(snpdb=taSNP,region=Tcell,keyword="Autoimmune") ################################################### ### code chunk number 7: traseR.Rnw:172-173 ################################################### plotPvalue(snpdb=taSNP,region=Tcell,keyword="autoimmune",plot.type="densityplot") ################################################### ### code chunk number 8: traseR.Rnw:183-184 ################################################### plotInterval(snpdb=taSNP,data.frame(chr="chrX",start=152633780,end=152737085)) ################################################### ### code chunk number 9: traseR.Rnw:194-196 ################################################### x=queryKeyword(snpdb=taSNP,region=Tcell,keyword="autoimmune",returnby="SNP") head(x) ################################################### ### code chunk number 10: traseR.Rnw:201-203 ################################################### x=queryGene(snpdb=taSNP,genes=c("AGRN","UBE2J2","SSU72")) x ################################################### ### code chunk number 11: traseR.Rnw:208-210 ################################################### x=querySNP(snpdb=taSNP,snpid=c("rs3766178","rs880051")) x ################################################### ### code chunk number 12: traseR.Rnw:219-220 ################################################### sessionInfo()