### R code from vignette source 'sRAP.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: inputVariables ################################################### library("sRAP") dir <- system.file("extdata", package="sRAP") expression.table <- file.path(dir,"MiSeq_cufflinks_genes_truncate.txt") sample.table <- file.path(dir,"MiSeq_Sample_Description.txt") project.folder <- getwd() project.name <- "MiSeq" ################################################### ### code chunk number 2: normalization ################################################### expression.mat <- RNA.norm(expression.table, project.name, project.folder) ################################################### ### code chunk number 3: qc ################################################### RNA.qc(sample.table, expression.mat, project.name, project.folder, plot.legend=F, color.palette=c("green","orange")) ################################################### ### code chunk number 4: diffExpression ################################################### stat.table <- RNA.deg(sample.table, expression.mat, project.name, project.folder, box.plot=FALSE, ref.group=T, ref="scramble", method="aov", color.palette=c("green","orange")) ################################################### ### code chunk number 5: bdFunc ################################################### #data(bdfunc.enrichment.human) #data(bdfunc.enrichment.mouse) RNA.bdfunc.fc(stat.table, plot.flag=FALSE, project.name, project.folder, species="human") RNA.bdfunc.signal(expression.mat, sample.table, plot.flag=FALSE, project.name, project.folder, species="human")