### R code from vignette source 'lol.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: lol.Rnw:29-31 ################################################### options(width=80) options(verbose=FALSE) ################################################### ### code chunk number 2: lol.Rnw:57-61 ################################################### library(lol) data(chin07) dim(chin07$cn) dim(chin07$ge) ################################################### ### code chunk number 3: lol.Rnw:65-69 ################################################### gain <- rowSums(chin07$cn >= .2) loss <- -rowSums(chin07$cn <= -.2) plotGW(data=cbind(gain, loss), pos=attr(chin07$cn, 'chrome'), file='plotGWCN', fileType='pdf', legend=c('gain', 'loss'), col=c('darkred', 'darkblue')) ################################################### ### code chunk number 4: lol.Rnw:76-81 ################################################### Data <- list(y=chin07$ge[1,], x=t(chin07$cn)) class(Data) <- 'cv' set.seed(10) res.cv <- lasso(Data) res.cv ################################################### ### code chunk number 5: lol.Rnw:88-91 ################################################### class(Data) <- 'stability' res.stability <- lasso(Data) res.stability ################################################### ### code chunk number 6: lol.Rnw:96-99 ################################################### class(Data) <- 'multiSplit' res.multiSplit <- lasso(Data) res.multiSplit ################################################### ### code chunk number 7: lol.Rnw:103-106 ################################################### class(Data) <- 'simultaneous' res.simultaneous <- lasso(Data) res.simultaneous ################################################### ### code chunk number 8: lol.Rnw:110-113 ################################################### plotGW(data=cbind(res.cv$beta, res.stability$beta, res.multiSplit$beta, res.simultaneous$beta), pos=attr(chin07$cn, 'chrome'), file='plotGWLassoOptimizers', fileType='pdf', width=8, height=5, legend=c('cv', 'stability', 'multiSplit', 'simultaneous'), legend.pos='topleft') ################################################### ### code chunk number 9: lol.Rnw:118-123 ################################################### Data <- list(y=t(chin07$ge), x=t(chin07$cn)) res1 <- matrixLasso(Data, method='cv') res1 res2 <- matrixLasso(Data, method='stability') res2 ################################################### ### code chunk number 10: lol.Rnw:127-129 ################################################### res.lm <- lmMatrixFit(y=Data, mat=abs(res2$coefMat), th=0.01) res.lm ################################################### ### code chunk number 11: sessionInfo ################################################### sessionInfo()