### R code from vignette source 'inveRsion.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: inveRsion.Rnw:42-43 ################################################### library(inveRsion) ################################################### ### code chunk number 2: inveRsion.Rnw:49-50 ################################################### hap <- system.file("extdata", "haplotypesROI.txt", package = "inveRsion") ################################################### ### code chunk number 3: inveRsion.Rnw:56-58 ################################################### hapCode<-codeHaplo(blockSize=5,file=hap, minAllele=0.3,saveRes=TRUE) ################################################### ### code chunk number 4: inveRsion.Rnw:68-71 ################################################### window<-0.5 scanRes<-scanInv(hapCode,window=window,saveRes=TRUE) scanRes ################################################### ### code chunk number 5: inveRsion.Rnw:76-77 ################################################### plot(scanRes,which="b",thBic=-Inf) ################################################### ### code chunk number 6: inveRsion.Rnw:85-87 ################################################### invList<-listInv(scanRes,hapCode=hapCode,geno=FALSE,all=FALSE,thBic=0) invList ################################################### ### code chunk number 7: inveRsion.Rnw:91-93 ################################################### r<-getClassif(invList,thBic=0, wROI=1,bin=FALSE,geno=FALSE) r[1:10] ################################################### ### code chunk number 8: inveRsion.Rnw:98-99 ################################################### plot(invList,wROI=1) ################################################### ### code chunk number 9: inveRsion.Rnw:106-108 ################################################### r<-getClassif(invList,thBic=0, wROI=1,geno=TRUE) r[1:10,] ################################################### ### code chunk number 10: inveRsion.Rnw:112-115 ################################################### mem <- system.file("extdata", "mem.txt", package = "inveRsion") ac<-accBic(invList,classFile=mem,nsub=1000,npoints=10) ac ################################################### ### code chunk number 11: inveRsion.Rnw:118-120 ################################################### r<-getClassif(invList,thBic=2000, wROI=1,geno=TRUE) r[1:10,]