### R code from vignette source 'vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: start ################################################### library(iCARE) ################################################### ### code chunk number 2: load-data ################################################### data("bc_data", package="iCARE") ################################################### ### code chunk number 3: model-1a ################################################### res_snps_miss = computeAbsoluteRisk(model.snp.info = bc_15_snps, model.disease.incidence.rates = bc_inc, model.competing.incidence.rates = mort_inc, apply.age.start = 50, apply.age.interval.length = 30, return.refs.risk=TRUE) ################################################### ### code chunk number 4: summary-1a ################################################### summary(res_snps_miss$risk) summary(res_snps_miss$refs.risk) plot(density(res_snps_miss$risk), lwd=2, main="SNP-only Risk Stratification: Ages 50-80", xlab="Absolute Risk of Breast Cancer") ################################################### ### code chunk number 5: model 1b ################################################### res_snps_dat = computeAbsoluteRisk(model.snp.info = bc_15_snps, model.disease.incidence.rates = bc_inc, model.competing.incidence.rates = mort_inc, apply.age.start = 50, apply.age.interval.length = 30, apply.snp.profile = new_snp_prof, return.refs.risk = TRUE) names(res_snps_dat) ################################################### ### code chunk number 6: plot-1b ################################################### plot(density(res_snps_dat$refs.risk), lwd=2, main="Referent SNP-only Risk Distribution: Ages 50-80", xlab="Absolute Risk of Breast Cancer") abline(v=res_snps_dat$risk, col="red") legend("topright", legend="New Profiles", col="red", lwd=1) ################################################### ### code chunk number 7: ex-2 ################################################### v1 <- list(name="famhist", type="continuous") v2 <- list(name="parity", type="factor", levels=0:4, ref=0) bc_model_cov_info <- list(v1, v2) ################################################### ### code chunk number 8: fit-2 ################################################### res_covs_snps = computeAbsoluteRisk(model.formula=caco~famhist+as.factor(parity), model.cov.info=bc_model_cov_info, model.snp.info=bc_15_snps, model.log.RR=bc_model_log_or, model.ref.dataset=ref_cov_dat, model.disease.incidence.rates=bc_inc, model.competing.incidence.rates=mort_inc, model.bin.fh.name="famhist", apply.age.start=50, apply.age.interval.length=30, apply.cov.profile=new_cov_prof, apply.snp.profile=new_snp_prof, return.refs.risk=TRUE) ################################################### ### code chunk number 9: fit-2 ################################################### print(res_covs_snps$details) ################################################### ### code chunk number 10: sessionInfo ################################################### sessionInfo()