### R code from vignette source 'TSCAN.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: TSCAN.Rnw:45-48 ################################################### library(TSCAN) data(lpsdata) procdata <- preprocess(lpsdata) ################################################### ### code chunk number 2: TSCAN.Rnw:57-58 ################################################### lpsmclust <- exprmclust(procdata) ################################################### ### code chunk number 3: TSCAN.Rnw:63-64 ################################################### plotmclust(lpsmclust) ################################################### ### code chunk number 4: TSCAN.Rnw:69-71 ################################################### lpsorder <- TSCANorder(lpsmclust) lpsorder ################################################### ### code chunk number 5: TSCAN.Rnw:78-81 ################################################### diffval <- difftest(procdata,lpsorder) #Selected differentially expressed genes under qvlue cutoff of 0.05 head(row.names(diffval)[diffval$qval < 0.05]) ################################################### ### code chunk number 6: TSCAN.Rnw:85-87 ################################################### STAT2expr <- log2(lpsdata["STAT2",]+1) singlegeneplot(STAT2expr, TSCANorder(lpsmclust,flip=TRUE,orderonly=FALSE)) ################################################### ### code chunk number 7: TSCAN.Rnw:96-101 ################################################### subpopulation <- data.frame(cell = colnames(procdata), sub = ifelse(grepl("Unstimulated",colnames(procdata)),0,1), stringsAsFactors = FALSE) #Comparing ordering with or without marker gene information order1 <- TSCANorder(lpsmclust) order2 <- TSCANorder(lpsmclust, c(1,2,3)) orders <- list(order1,order2) ################################################### ### code chunk number 8: TSCAN.Rnw:105-106 ################################################### orderscore(subpopulation, orders)