### R code from vignette source 'REDseq.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: REDseq.Rnw:35-39 ################################################### library(REDseq) REpatternFilePath = system.file("extdata", "examplePattern.fa", package="REDseq") library(BSgenome.Celegans.UCSC.ce2) myMap = buildREmap( REpatternFilePath, BSgenomeName=Celegans, outfile="example.REmap") ################################################### ### code chunk number 2: REDseq.Rnw:48-66 ################################################### data(example.REDseq) data(example.map) r.unique = assignSeq2REsite(example.REDseq, example.map, cut.offset = 1, seq.length = 36, allowed.offset = 5, min.FragmentLength = 60, max.FragmentLength = 300, partitionMultipleRE = "unique") r.best= assignSeq2REsite(example.REDseq, example.map, cut.offset = 1, seq.length = 36, allowed.offset = 5, min.FragmentLength = 60, max.FragmentLength = 300, partitionMultipleRE = "best") r.random = assignSeq2REsite(example.REDseq, example.map, cut.offset = 1, seq.length = 36, allowed.offset = 5, min.FragmentLength = 60, max.FragmentLength = 300, partitionMultipleRE = "random") r.average = assignSeq2REsite(example.REDseq, example.map, cut.offset = 1, seq.length = 36, allowed.offset = 5, min.FragmentLength = 60, max.FragmentLength = 300, partitionMultipleRE = "average") r.estimate = assignSeq2REsite(example.REDseq, example.map, cut.offset = 1, seq.length = 36, allowed.offset = 5, min.FragmentLength = 60, max.FragmentLength = 300, partitionMultipleRE = "estimate") head(r.estimate$passed.filter) ################################################### ### code chunk number 3: REDseq.Rnw:73-74 ################################################### data(example.assignedREDseq) ################################################### ### code chunk number 4: fig1 ################################################### plotCutDistribution(example.assignedREDseq,example.map, chr="2", xlim =c(3012000, 3020000)) ################################################### ### code chunk number 5: fig2 ################################################### distanceHistSeq2RE(example.assignedREDseq,ylim=c(0,25)) ################################################### ### code chunk number 6: REDseq.Rnw:108-109 ################################################### REsummary =summarizeByRE(example.assignedREDseq,by="Weight") ################################################### ### code chunk number 7: REDseq.Rnw:116-117 ################################################### binom.test.REDseq(REsummary) ################################################### ### code chunk number 8: REDseq.Rnw:124-127 ################################################### x= cbind(c("RE1", "RE2", "RE3", "RE4"), c(10,1,100, 0),c(5,5,50, 40)) colnames(x) = c("REid", "control", "treated") compareREDseq(x) ################################################### ### code chunk number 9: REDseq.Rnw:144-145 ################################################### sessionInfo()