### R code from vignette source 'Prostar_UserManual.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: installProstaRBiocond (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("Prostar") ################################################### ### code chunk number 3: runProstarStandalone (eval = FALSE) ################################################### ## library(Prostar) ## Prostar() ################################################### ### code chunk number 4: installDAPARBiocond (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("DAPAR") ################################################### ### code chunk number 5: sessionLog (eval = FALSE) ################################################### ## getProcessingInfo(obj) ################################################### ### code chunk number 6: diffAnalysis (eval = FALSE) ################################################### ## res <- diffAnaLimma(imputed_dataset, condition1, condition2) ## obj <- diffAnaSave(imputed_dataset, res, "limma", condition1, condition2) ################################################### ### code chunk number 7: sessioninfo ################################################### toLatex(sessionInfo())