### R code from vignette source 'vignetteNanoStringQCPro.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: vignetteNanoStringQCPro.Rnw:24-25 ################################################### options(width=80) ################################################### ### code chunk number 3: vignetteNanoStringQCPro.Rnw:75-76 ################################################### options(warn=-1) ################################################### ### code chunk number 4: libraryNanoStringQCPro ################################################### library(NanoStringQCPro) ################################################### ### code chunk number 5: vignetteNanoStringQCPro.Rnw:81-82 ################################################### options(warn=0) ################################################### ### code chunk number 6: vignetteNanoStringQCPro.Rnw:84-103 ################################################### exampleDataDir <- system.file("extdata", package="NanoStringQCPro") rccDir <- file.path(exampleDataDir, "RCC") example_rccSet <- newRccSet( rccFiles = dir(rccDir, full.names=TRUE) #,rccCollectorToolExport = file.path(exampleDataDir, "nSolver", "RCC_collector_tool_export.csv") ,rlf = file.path(exampleDataDir, "RLF", "NQCP_example.rlf") ,cdrDesignData = file.path(exampleDataDir, "CDR", "CDR-DesignData.csv") ,extraPdata = file.path(exampleDataDir, "extraPdata", "SampleType.txt") ,blankLabel = "blank" ,experimentData.name = "Dorothee Nickles" ,experimentData.lab = "Richard Bourgon" ,experimentData.contact = "nickles.dorothee@gene.com" ,experimentData.title = "NanoStringQCPro example dataset" ,experimentData.abstract= "Example data for the NanoStringQCPro package" ) # Reading RCC files... # checkRccSet() messages: # The following panel housekeeping genes were found: RBCK1, USP19 ################################################### ### code chunk number 7: example_rccSet ################################################### str(max.level=2, example_rccSet) ################################################### ### code chunk number 8: preprocRccSet ################################################### norm_example_rccSet <- preprocRccSet(rccSet = example_rccSet, normMethod = "housekeeping") # Warning message: # In .local(rccSet, ...) : Less than three housekeeping features are defined ls(assayData(norm_example_rccSet)) preproc(norm_example_rccSet) ################################################### ### code chunk number 9: posCtrlNorm ################################################### adj_example_rccSet <- posCtrlNorm(example_rccSet, summaryFunction="sum") ls(assayData(adj_example_rccSet)) preproc(adj_example_rccSet) head(pData(adj_example_rccSet)$PosFactor) ################################################### ### code chunk number 10: getBackground ################################################### # Get background based on median signal for each probe in blank measurements: bg1 <- getBackground(adj_example_rccSet, bgReference="blanks", summaryFunction="median") # ...based on mean of negative controls: bg2 <- getBackground(adj_example_rccSet, bgReference="negatives", summaryFunction="mean") # ...using the same implementation as in the nSolver software: bg3 <- getBackground(adj_example_rccSet, bgReference="both", stringency=1) ################################################### ### code chunk number 11: subtractBackground ################################################### bgcorr_example_rccSet <- subtractBackground(adj_example_rccSet, bgEstimates=bg1) ls(assayData(bgcorr_example_rccSet)) preproc(bgcorr_example_rccSet) ################################################### ### code chunk number 12: contentNorm ################################################### gmnorm_example_rccSet <- contentNorm(rccSet=bgcorr_example_rccSet, method="median") hknorm_example_rccSet <- contentNorm(rccSet=bgcorr_example_rccSet, method="housekeeping") # Warning message: # In contentNorm(srccSet, method = "housekeeping", hk = hk) : # Less than three housekeeping features are defined ################################################### ### code chunk number 13: makeQCReport ################################################### qc_example_rccSet <- makeQCReport(norm_example_rccSet, "example_QC_report") # Generating QC report... # Report file has been generated: /gne/home/richarbo/tmp/example_QC_report.html ################################################### ### code chunk number 14: sessionInfo ################################################### sessionInfo()