### R code from vignette source 'Gviz.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: init ################################################### options(width=65) library(xtable) source(system.file("scripts/documentation.R", package="Gviz")) xtabDetails <- details addParTable <- function(class, skip=c("showTitle", "size", "background.title"), add=NULL) { Parameters <- data.frame("Display Parameter"=names(xtabDetails[[class]]), "Description"=xtabDetails[[class]], check.names=FALSE) align <- "lrp{5in}" if(!is.null(add)){ Parameters <- cbind(Parameters, add) align <- c("lp{4in}", "lp{4in}", "lp{4in}", "lp{4in}") } Parameters <- Parameters[order(Parameters[,1]),] Parameters <- apply(Parameters, 2, function(x) gsub("_", "\\_", x, fixed=TRUE)) rownames(Parameters) <- gsub("_", "\\_", rownames(Parameters), fixed=TRUE) sel <- Parameters[,1] %in% skip Parameters[,2] <- gsub("\\code{\\linkS4class{", "\\Rclass{{", Parameters[,2], fixed=TRUE) print(xtable(Parameters[!sel,], align=align), sanitize.text.function=function(x) x, include.rownames=FALSE, floating=FALSE, tabular.environment="longtable") return(invisible()) } hasUcscConnection <- !is(try(rtracklayer::browserSession(), silent=TRUE), "try-error") oto <- options(timeout=5) hasBiomartConnection <- (!is(try(download.file("http://www.biomart.org", tempfile(), quiet=TRUE)), "try-error") && !is(try(biomaRt::listMarts(), silent=TRUE), "try-error")) options(timeout=oto) ## Uncommenting this helps when the UCSC server has a hickup but still lets you connect: ##hasUcscConnection <- !is(try(rtracklayer::browserSession(), silent=TRUE), "try-error") && !is(try(IdeogramTrack(genome="hg19", chromosome=7), silent=TRUE), "try-error") ################################################### ### code chunk number 3: loadPackage ################################################### library(Gviz) ################################################### ### code chunk number 4: AnnotationTrack ################################################### library(GenomicRanges) data(cpgIslands) class(cpgIslands) chr <- as.character(unique(seqnames(cpgIslands))) gen <- genome(cpgIslands) atrack <- AnnotationTrack(cpgIslands, name="CpG") ################################################### ### code chunk number 5: plotAnnotationTrack ################################################### plotTracks(atrack) ################################################### ### code chunk number 6: GenomeAxisTrack ################################################### gtrack <- GenomeAxisTrack() ################################################### ### code chunk number 7: plotGenomeAxisTrack ################################################### plotTracks(list(gtrack, atrack)) ################################################### ### code chunk number 8: showIdeogramTrack (eval = FALSE) ################################################### ## itrack <- IdeogramTrack(genome=gen, chromosome=chr) ################################################### ### code chunk number 9: doIdeogramTrack ################################################### if(hasUcscConnection){ itrack <- IdeogramTrack(genome=gen, chromosome=chr) }else{ data(itrack) } ################################################### ### code chunk number 10: plotIdeogramTrack ################################################### plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack)) ################################################### ### code chunk number 11: GeneRegionTrack ################################################### data(geneModels) grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome=gen, chromosome=chr, name="Gene Model") plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack)) ################################################### ### code chunk number 12: zooming ################################################### plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack), from=26700000, to=26750000) ################################################### ### code chunk number 13: zooming2 ################################################### plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack), extend.left=0.5, extend.right=1000000) ################################################### ### code chunk number 14: zooming3 ################################################### plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack), extend.left=0.5, extend.right=1000000, col=NULL) ################################################### ### code chunk number 15: zooming4 ################################################### library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) strack <- SequenceTrack(Hsapiens, chromosome=chr) plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack, strack), from=26591822, to=26591852, cex=0.8) ################################################### ### code chunk number 16: DataTrack ################################################### set.seed(255) lim <- c(26700000, 26750000) coords <- sort(c(lim[1], sample(seq(from=lim[1], to=lim[2]), 99), lim[2])) dat <- runif(100, min=-10, max=10) dtrack <- DataTrack(data=dat, start=coords[-length(coords)], end=coords[-1], chromosome=chr, genome=gen, name="Uniform") plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack, dtrack), from=lim[1], to=lim[2]) ################################################### ### code chunk number 17: DataTrackHist ################################################### plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack, dtrack), from=lim[1], to=lim[2], type="histogram") ################################################### ### code chunk number 18: displayPars1f ################################################### grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome=gen, chromosome=chr, name="Gene Model", transcriptAnnotation="symbol", background.title="brown") head(displayPars(grtrack)) displayPars(grtrack) <- list(background.panel="#FFFEDB", col=NULL) head(displayPars(grtrack)) plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack)) ################################################### ### code chunk number 19: displayPars2f ################################################### plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack), background.panel="#FFFEDB", background.title="darkblue") ################################################### ### code chunk number 20: displayPars3 ################################################### dp <- availableDisplayPars(grtrack) tail(dp) ################################################### ### code chunk number 21: displayPars4 ################################################### getOption("Gviz.scheme") scheme <- getScheme() scheme$GeneRegionTrack$fill <- "salmon" scheme$GeneRegionTrack$col <- NULL scheme$GeneRegionTrack$transcriptAnnotation <- "transcript" addScheme(scheme, "myScheme") options(Gviz.scheme="myScheme") grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome=gen, chromosome=chr, name="Gene Model") plotTracks(grtrack) options(Gviz.scheme="default") grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome=gen, chromosome=chr, name="Gene Model", transcriptAnnotation="symbol") ################################################### ### code chunk number 22: schemes (eval = FALSE) ################################################### ## .GvizSchemes <- list(myScheme=list(GeneRegionTrack=list(fill="salmon", col=NULL, transcriptAnnotation="transcript"))) ################################################### ### code chunk number 23: plottingdirections ################################################### plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack), reverseStrand=TRUE) ################################################### ### code chunk number 24: GenomeAxisTrackClass1 ################################################### axisTrack <- GenomeAxisTrack() plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6) ################################################### ### code chunk number 25: GenomeAxisTrackClass2 ################################################### axisTrack <- GenomeAxisTrack(range=IRanges(start=c(2e6, 4e6), end=c(3e6, 7e6), names=rep("N-stretch", 2))) plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6) ################################################### ### code chunk number 26: GenomeAxisTrackClass2a ################################################### plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6, showId=TRUE) ################################################### ### code chunk number 27: GenomeAxisTrackClass3 ################################################### plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6, add53=TRUE, add35=TRUE) ################################################### ### code chunk number 28: GenomeAxisTrackClass4 ################################################### plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6, add53=TRUE, add35=TRUE, littleTicks=TRUE) ################################################### ### code chunk number 29: GenomeAxisTrackClass5 ################################################### plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6, exponent=4) ################################################### ### code chunk number 30: GenomeAxisTrackClass6 ################################################### plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6, labelPos="below") ################################################### ### code chunk number 31: GenomeAxisTrackClass7 ################################################### plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6, scale=0.5) ################################################### ### code chunk number 32: GenomeAxisTrackClass8 ################################################### plotTracks(axisTrack, from=1e6, to=9e6, scale=0.5, labelPos="below") ################################################### ### code chunk number 33: GenomeAxisTrackClassTable ################################################### addParTable("GenomeAxisTrack") ################################################### ### code chunk number 34: IdeogramTrackClass1Show (eval = FALSE) ################################################### ## ideoTrack <- IdeogramTrack(genome="hg19", chromosome="chrX") ## plotTracks(ideoTrack, from=85e6, to=129e6) ################################################### ### code chunk number 35: IdeogramTrackClass1Do ################################################### if(hasUcscConnection){ ideoTrack <- IdeogramTrack(genome="hg19", chromosome="chrX") }else{ data(itrack) } plotTracks(ideoTrack, from=85e6, to=129e6) ################################################### ### code chunk number 36: IdeogramTrackClass2 ################################################### plotTracks(ideoTrack, from=85e6, to=129e6, showId=FALSE) ################################################### ### code chunk number 37: IdeogramTrackClass3 ################################################### plotTracks(ideoTrack, from=85e6, to=129e6, showId=FALSE, showBandId=TRUE, cex.bands=0.5) ################################################### ### code chunk number 38: IdeogramTrackClassTable ################################################### addParTable("IdeogramTrack") ################################################### ### code chunk number 39: DataClass1 ################################################### data(twoGroups) dTrack <- DataTrack(twoGroups, name="uniform") plotTracks(dTrack) ################################################### ### code chunk number 40: