### R code from vignette source 'HowTo-FlowRepositoryR.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: LoadPackage ################################################### library(FlowRepositoryR) ################################################### ### code chunk number 2: ListDatasets ################################################### dataSets <- flowRep.ls() ## We will only show a maximum of 10 identifiers so that we don't ## clutter the vignette dataSets[1:min(10, length(dataSets))] ################################################### ### code chunk number 3: SearchDatasets ################################################### flowRep.search("OMIP-016") ################################################### ### code chunk number 4: GetDataset ################################################### ## FR-FCM-ZZJ7 is a purposely picked dataset that is public and very ## small for the unit tests and the vignette and man pages to compile ## quickly. Also, FlowRepository is not tracking the downloads of this ## particular dataset since the stats would be based mainly on these ## automated downloads. ds <- flowRep.get("FR-FCM-ZZJ7") summary(ds) ################################################### ### code chunk number 5: DownloadData ################################################### ds <- download(ds) summary(ds) ################################################### ### code chunk number 6: WhereIsMyFile ################################################### localpath(fcs.files(ds)[[1]]) ################################################### ### code chunk number 7: WhereAreMyFCSFiles ################################################### unlist(lapply(fcs.files(ds), function(x) paste(localpath(x)))) ################################################### ### code chunk number 8: WhereAreMyAttachments ################################################### unlist(lapply(attachments(ds), function(x) paste(localpath(x)))) ################################################### ### code chunk number 9: setFlowRepositoryCredentials ################################################### setFlowRepositoryCredentials(email="boo@gmail.com", password="foo123456") ################################################### ### code chunk number 10: forgetFlowRepositoryCredentials ################################################### forgetFlowRepositoryCredentials() ################################################### ### code chunk number 11: DownloadDataPartially ################################################### myDataset <- flowRep.get("FR-FCM-ZZJ7") summary(myDataset) ## And download a single attachment file at1 <- download(attachments(myDataset)[[1]]) localpath(at1) summary(at1) ## A single FCS file proxy can be downloaded fcs1 <- download(fcs.files(myDataset)[[1]]) localpath(fcs1) summary(fcs1)