### R code from vignette source 'esApply.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: R.hide ################################################### library(Biobase) data(sample.ExpressionSet) ################################################### ### code chunk number 2: R ################################################### print(sample.ExpressionSet) print(exprs(sample.ExpressionSet)[1,]) print(pData(sample.ExpressionSet)[1:2,1:3]) ################################################### ### code chunk number 3: R ################################################### print(rbind(exprs(sample.ExpressionSet[1,]), sex <- t(pData(sample.ExpressionSet))[1,])) ################################################### ### code chunk number 4: R ################################################### medContr <- function( y, x ) { ys <- split(y,x) median(ys[[1]]) - median(ys[[2]]) } ################################################### ### code chunk number 5: R ################################################### print(apply(exprs(sample.ExpressionSet[1,,drop=F]), 1, medContr, pData(sample.ExpressionSet)[["sex"]])) ################################################### ### code chunk number 6: R ################################################### medContr1 <- function(y) { ys <- split(y,sex) median(ys[[1]]) - median(ys[[2]]) } print(esApply( sample.ExpressionSet, 1, medContr1)[1]) ################################################### ### code chunk number 7: esApply.Rnw:126-127 ################################################### sessionInfo()