### R code from vignette source 'xpsClasses.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: xpsClasses.Rnw:173-174 ################################################### library(xps) ################################################### ### code chunk number 2: R ################################################### getClassDef("TreeSet") ################################################### ### code chunk number 3: R ################################################### getClassDef("SchemeTreeSet") ################################################### ### code chunk number 4: xpsClasses.Rnw:226-228 ################################################### scheme.test3 <- root.scheme(paste(path.package("xps"),"schemes/SchemeTest3.root",sep="/")) str(scheme.test3) ################################################### ### code chunk number 5: xpsClasses.Rnw:239-241 ################################################### idx <- export(scheme.test3, treetype="idx", outfile="Test3_idx.txt", as.dataframe=TRUE, verbose=FALSE) idx[10:16,] ################################################### ### code chunk number 6: xpsClasses.Rnw:247-249 ################################################### scm <- export(scheme.test3, treetype="scm", outfile="Test3_scm.txt", as.dataframe=TRUE, verbose=FALSE) scm[1843:1848,] ################################################### ### code chunk number 7: xpsClasses.Rnw:260-264 ################################################### scheme.test3 <- attachMask(scheme.test3) msk <- chipMask(scheme.test3) scheme.test3 <- removeMask(scheme.test3) msk[1843:1848,] ################################################### ### code chunk number 8: xpsClasses.Rnw:270-272 ################################################### prb <- export(scheme.test3, treetype="prb", outfile="Test3_prb.txt",as.dataframe=TRUE, verbose=FALSE) prb[1843:1848,] ################################################### ### code chunk number 9: xpsClasses.Rnw:278-280 ################################################### ann <- export(scheme.test3, treetype="ann", outfile="Test3_ann.txt",as.dataframe=TRUE, verbose=FALSE) head(ann) ################################################### ### code chunk number 10: R ################################################### getClassDef("ProcesSet") ################################################### ### code chunk number 11: R ################################################### getClassDef("DataTreeSet") ################################################### ### code chunk number 12: xpsClasses.Rnw:349-351 ################################################### data.test3 <- root.data(scheme.test3, paste(path.package("xps"),"rootdata/DataTest3_cel.root",sep="/")) str(data.test3) ################################################### ### code chunk number 13: R ################################################### getClassDef("ExprTreeSet") ################################################### ### code chunk number 14: R ################################################### getClassDef("CallTreeSet") ################################################### ### code chunk number 15: R ################################################### getClassDef("QualTreeSet") ################################################### ### code chunk number 16: R ################################################### getClassDef("ProjectInfo") ################################################### ### code chunk number 17: xpsClasses.Rnw:454-470 ################################################### project <- ProjectInfo(submitter="Christian", laboratory="home",contact="email") projectInfo(project) <- c("TestProject","20060106","Project Type","use Test3 data for testing","my comment") authorInfo(project) <- c("Stratowa","Christian","Project Leader","Company","Dept","cstrato.at.aon.at","++43-1-1234","my comment") datasetInfo(project) <- c("Test3Set","MC","Tissue","Stratowa","20060106","description","my comment") sourceInfo(project) <- c("Unknown","source type","Homo sapiens","caucasian","description","my comment") primcellInfo(project) <- c("Mel31","primary cell",20071123,"extracted from patient","male","my pheno","my genotype","RNA extraction",TRUE,"NMRI","female",7.0,"months", "my comment") arrayInfo(project) <- c("Test3","GeneChip","description","my comment") hybridizInfo(project) <- c(c("TestA1","hyb type","TestA1.CEL",20071117,"my prep1","standard protocol","A1",1,"my comment"), c("TestA2","hyb type","TestA2.CEL",20071117,"my prep2","standard protocol","A2",1,"my comment"), c("TestB1","hyb type","TestB1.CEL",20071117,"my prep1","standard protocol","B1",2,"my comment"), c("TestB2","hyb type","TestB2.CEL",20071117,"my prep2","standard protocol","B2",2,"my comment")) treatmentInfo(project) <- c(c("TestA1","DMSO",4.3,"mM",1.0,"hours","intravenous","my comment"), c("TestA2","DMSO",4.3,"mM",8.0,"hours","intravenous","my comment"), c("TestB1","DrugA2",4.3,"mM",1.0,"hours","intravenous","my comment"), c("TestB2","DrugA2",4.3,"mM",8.0,"hours","intravenous","my comment")) show(project) ################################################### ### code chunk number 18: R ################################################### getClassDef("Filter") ################################################### ### code chunk number 19: R ################################################### getClassDef("PreFilter") ################################################### ### code chunk number 20: xpsClasses.Rnw:515-527 ################################################### prefltr <- PreFilter() madFilter(prefltr) <- c(0.5,0.01) cvFilter(prefltr) <- c(0.3,0.0,0.01) varFilter(prefltr) <- c(0.6,0.02,0.01) diffFilter(prefltr) <- c(2.2,0.0,0.01) ratioFilter(prefltr) <- c(1.5) gapFilter(prefltr) <- c(0.3,0.05,0.0,0.01) lowFilter(prefltr) <- c(4.0,3,"samples") highFilter(prefltr) <- c(14.5,75.0,"percent") quantileFilter(prefltr) <- c(3.0, 0.05, 0.95) callFilter(prefltr) <- c(0.02,80.0,"percent") str(prefltr) ################################################### ### code chunk number 21: R ################################################### getClassDef("UniFilter") ################################################### ### code chunk number 22: xpsClasses.Rnw:552-558 ################################################### unifltr <- UniFilter() fcFilter(unifltr) <- c(1.5,"both") callFilter(unifltr) <- c(0.02,80.0,"percent") unitestFilter(unifltr) <- c(0.01,"pval") uniTest(unifltr) <- c("t.test","two.sided","wy",5000,0.0,FALSE,0.98,TRUE) str(unifltr) ################################################### ### code chunk number 23: R ################################################### getClassDef("FilterTreeSet") ################################################### ### code chunk number 24: R ################################################### getClassDef("AnalysisTreeSet")