### R code from vignette source 'viper.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: viper.Rnw:63-67 (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("mixtools") ## biocLite("bcellViper") ## biocLite("viper") ################################################### ### code chunk number 2: viper.Rnw:73-74 ################################################### library(viper) ################################################### ### code chunk number 3: viper.Rnw:89-92 ################################################### data(bcellViper, package="bcellViper") adjfile <- system.file("aracne", "bcellaracne.adj", package = "bcellViper") regul <- aracne2regulon(adjfile, dset, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 4: viper.Rnw:94-95 ################################################### print(regul) ################################################### ### code chunk number 5: viper.Rnw:112-113 ################################################### signature <- rowTtest(dset, "description", c("CB", "CC"), "N") ################################################### ### code chunk number 6: viper.Rnw:119-121 ################################################### signature <- (qnorm(signature$p.value/2, lower.tail = FALSE) * sign(signature$statistic))[, 1] ################################################### ### code chunk number 7: viper.Rnw:129-131 ################################################### nullmodel <- ttestNull(dset, "description", c("CB", "CC"), "N", per = 1000, repos = TRUE, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 8: viper.Rnw:139-140 ################################################### regulon ################################################### ### code chunk number 9: viper.Rnw:145-146 ################################################### mrs <- msviper(signature, regulon, nullmodel, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 10: viper.Rnw:151-152 ################################################### summary(mrs) ################################################### ### code chunk number 11: msviper ################################################### plot(mrs, cex = .7) ################################################### ### code chunk number 12: viper.Rnw:174-176 ################################################### mrs <- ledge(mrs) summary(mrs) ################################################### ### code chunk number 13: viper.Rnw:186-188 ################################################### signature <- bootstrapTtest(dset, "description", c("CB", "CC"), "N", verbose = FALSE) mrs <- msviper(signature, regulon, nullmodel, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 14: viper.Rnw:192-193 ################################################### mrs <- bootstrapmsviper(mrs, "mode") ################################################### ### code chunk number 15: bsmsviper ################################################### plot(mrs, cex = .7) ################################################### ### code chunk number 16: viper.Rnw:214-215 ################################################### mrshadow <- shadow(mrs, regulators = 25, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 17: viper.Rnw:220-221 ################################################### summary(mrshadow) ################################################### ### code chunk number 18: viper.Rnw:230-231 ################################################### mrs <- msviperCombinatorial(mrs, regulators = 25, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 19: viper.Rnw:235-236 ################################################### mrs <- msviperSynergy(mrs, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 20: synmsviper ################################################### summary(mrs) plot(mrs, 25, cex = .7) ################################################### ### code chunk number 21: viper.Rnw:258-259 ################################################### vpres <- viper(dset, regulon, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 22: viper.Rnw:263-264 ################################################### dim(vpres) ################################################### ### code chunk number 23: viper.Rnw:268-271 ################################################### tmp <- rowTtest(vpres, "description", c("CB", "CC"), "N") data.frame(Gene = rownames(tmp$p.value), t = round(tmp$statistic, 2), "p-value" = signif(tmp$p.value, 3))[order(tmp$p.value)[1:10], ] ################################################### ### code chunk number 24: viper.Rnw:281-283 ################################################### vpsig <- viperSignature(dset, "description", "N", verbose = FALSE) vpres <- viper(vpsig, regulon, verbose = FALSE) ################################################### ### code chunk number 25: euviper ################################################### pos <- pData(vpres)[["description"]] %in% c("M", "CB", "CC") d1 <- exprs(vpres)[, pos] colnames(d1) <- pData(vpres)[["description"]][pos] dd <- dist(t(d1), method = "euclidean") heatmap(as.matrix(dd), Rowv = as.dendrogram(hclust(dd, method = "average")), symm = T) ################################################### ### code chunk number 26: viper.Rnw:307-308 ################################################### dd <- signatureDistance(d1, scale. = F) ################################################### ### code chunk number 27: sigviper ################################################### heatmap(as.matrix(as.dist(dd)), Rowv = as.dendrogram(hclust(as.dist(dd), method = "average")), symm = T)