### R code from vignette source 'sigsquared.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: sigsquared.Rnw:51-53 ################################################### library(Biobase) library(survival) ################################################### ### code chunk number 2: sigsquared.Rnw:57-59 ################################################### library(sigsquared) data(BrCa443) ################################################### ### code chunk number 3: sigsquared.Rnw:73-76 ################################################### gs <- new("geneSignature") genes <- c("RKIP", "HMGA2", "SPP1", "CXCR4", "MMP1", "MetaLET7", "MetaBACH1") gs <- setGeneSignature(gs, direct=c(-1, 1, 1, 1, 1, 1, 1), genes=genes) ################################################### ### code chunk number 4: sigsquared.Rnw:85-86 ################################################### gs <- analysisPipeline(dataSet=BrCa443, geneSig=gs, iterPerK=50, k=2, rand=FALSE) ################################################### ### code chunk number 5: sigsquared.Rnw:95-97 ################################################### s <- ensembleAdjustable(dataSet=BrCa443, geneSig=gs) plot(survfit(Surv(MFS, met) ~ s, data=pData(BrCa443)))