### R code from vignette source 'pcaGoPromoter.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### options(width=80,digits=6) ################################################### ### code chunk number 2: bioC (eval = FALSE) ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("pcaGoPromoter",dependencies=TRUE) ################################################### ### code chunk number 3: libPcaGoPromoter (eval = FALSE) ################################################### ## library("pcaGoPromoter") ################################################### ### code chunk number 4: libSerumStimulation (eval = FALSE) ################################################### ## library("serumStimulation") ## data(serumStimulation) ################################################### ### code chunk number 5: groups (eval = FALSE) ################################################### ## groups <- as.factor( c( rep("control",5) , rep("serumInhib",5) , ## rep("serumOnly",3) ) ) ## groups ################################################### ### code chunk number 6: fig1 (eval = FALSE) ################################################### ## pcaInfoPlot(eData=serumStimulation,groups=groups) ################################################### ### code chunk number 7: pca (eval = FALSE) ################################################### ## pcaOutput <- pca(serumStimulation) ################################################### ### code chunk number 8: fig2 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(pcaOutput, groups=groups) ################################################### ### code chunk number 9: probeIds (eval = FALSE) ################################################### ## loadsNegPC2 <- getRankedProbeIds( pcaOutput, pc=2, decreasing=FALSE )[1:1365] ################################################### ### code chunk number 10: GOtree (eval = FALSE) ################################################### ## GOtreeOutput <- GOtree( input = loadsNegPC2) ################################################### ### code chunk number 11: fig3 (eval = FALSE) ################################################### ## plot(GOtreeOutput,legendPosition = "bottomright") ################################################### ### code chunk number 12: copyToPdf (eval = FALSE) ################################################### ## dev.copy2pdf(file="GOtree.pdf") ################################################### ### code chunk number 13: printGOtree (eval = FALSE) ################################################### ## head(GOtreeOutput$sigGOs,n=10) ################################################### ### code chunk number 14: printPrimo (eval = FALSE) ################################################### ## TFtable <- primo( loadsNegPC2 ) ## head(TFtable$overRepresented) ################################################### ### code chunk number 15: printPrimeHits (eval = FALSE) ################################################### ## probeIds <- primoHits( loadsNegPC2 , id = 9343 ) ## head(probeIds)